IDH突变胶质瘤进展中获得的遗传与细胞状态变化 [snATAC]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE329156

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数据说明

异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤是恶性脑肿瘤，通常发生于成年早期至中期，且治疗后几乎总是复发。然而，驱动IDH突变型胶质瘤在治疗下进展的遗传和细胞状态变化仍未被完全理解。在此，我们整合了来自35名患者的75例时间上分隔的胶质瘤的单核转录组图谱、染色质可及性图谱以及 bulk DNA/RNA 测序，这些肿瘤涵盖少突胶质细胞瘤和星形细胞瘤两种IDH突变型胶质瘤类型。我们发现，恶性细胞状态在转录上类似于正常胶质-神经元谱系发育的阶段或反应性间充质样状态，与先前在IDH野生型胶质母细胞瘤中描述的状态相镜像。恶性细胞状态显示出不同的染色质可及性图谱，而这些图谱在两种IDH突变型胶质瘤类型之间具有可比性。分化程度较低的恶性细胞的丰度随分级以及诸如PDGFRA扩增等遗传改变而增加。纵向分析突出了两种主要的恶性细胞状态转变模式。

首先，在获得复发相关遗传事件的胶质瘤中，谱系分化减少和复发时增殖性恶性细胞增加表现明显，这些遗传事件包括治疗相关的高突变、拷贝数改变增加以及细胞周期改变。其次，间充质样状态丰度的增加独立于获得的遗传改变而发生，而是与巨噬细胞表达升高相吻合。总体而言，我们的发现提供了一个整合模型，追踪了在IDH突变型胶质瘤疾病进展过程中塑造细胞状态的细胞内在和外在因素。总体设计：从冷冻的IDH突变型胶质瘤组织中分离细胞核，并通过10x Genomics Multiome ATAC和基因表达进行图谱分析。此处提供ATAC片段。*************************************************************** R

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。