高度侵袭性与亲本患者来源胶质母细胞瘤干细胞样细胞的DNA甲基化比较分析

该数据集包含患者来源胶质母细胞瘤干样细胞（GSCs）的全基因组DNA甲基化谱，使用Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片生成

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基因组分类Epigenomics

PRJNA1436523: Comparative DNA methylation profiling of highly invasive and parental patient-derived glioblastoma stem-like cells using the Illumina Infinium MethylationEPIC array

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

高度侵袭性与亲本患者来源胶质母细胞瘤干细胞样细胞的DNA甲基化比较分析

PRJNA1436523 数据集聚焦于患者来源胶质母细胞瘤干样细胞（glioblastoma stem-like cells, GSCs）的表观遗传学特征，采用 Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip 芯片对全基因组 DNA 甲基化谱进行测定。该数据集通过连续 transwell 侵袭筛选建立了高侵袭性亚群，并将其与未经过筛选的亲本群体进行比较，旨在识别与胶质母细胞瘤细胞稳定侵袭表型相关的 DNA 甲基化变化，并支持对调控区域及与侵袭相关的转录因子基序关联甲基化模式的分析。数据集归属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为表观遗传学（Epigenomics），来源于 NCBI。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是侵袭性强的脑肿瘤，患者来源胶质母细胞瘤干样细胞是研究其侵袭机制的重要体外模型。DNA 甲基化作为关键表观遗传修饰，参与调控基因表达和细胞表型。该数据集围绕高侵袭性与亲本 GSCs 的比较展开，利用全基因组甲基化芯片刻画两种群体之间的甲基化差异，为理解侵袭表型的表观遗传基础提供数据支撑。

【数据内容】

数据集包含患者来源 GSCs 的全基因组 DNA 甲基化谱，检测平台为 Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip 芯片。样本涵盖通过连续 transwell 侵袭筛选建立的高侵袭性亚群以及未筛选的亲本群体。数据可用于识别与稳定侵袭表型相关的 DNA 甲基化变化，并支持调控区域和转录因子基序关联甲基化模式的分析。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为“PRJNA1436523: Comparative DNA methylation profiling of highly invasive and parental patient-derived glioblastoma stem-like cells using the Illumina Infinium MethylationEPIC array”。高侵袭性亚群通过连续 transwell 侵袭筛选建立，并与亲本非筛选群体进行比较。其余采集细节源站未提供。

【适用场景】

适用于胶质母细胞瘤侵袭相关 DNA 甲基化变化研究、调控区域甲基化分析、转录因子基序关联甲基化模式分析，以及高侵袭性与亲本 GSCs 的表观遗传比较研究。

【使用方法】

源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324664

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1436523

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含使用Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip阵列生成的患者来源胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）的全基因组DNA甲基化谱。通过连续Transwell侵袭筛选建立了高侵袭性亚群，并与未筛选的亲本群体进行了比较。该数据集的生成旨在识别与胶质母细胞瘤细胞中稳定侵袭表型相关的DNA甲基化变化，并促进对与侵袭相关的调控区域及转录因子基序相关甲基化模式的分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别