基于MAGIBU的儿童及青少年中枢神经系统肿瘤模型：本地表观遗传决策支持框架与在线DNA甲基化分类器的比较

该数据集来自NCBI BioProject（ID 1425294），主题为表观遗传学，属于肿瘤与脑肿瘤范畴。其内容围绕一个基于MAGIBU的儿童及青少年中枢神经系统肿瘤模型，即本地表观遗传决策支持框架，并与在线DNA甲基化分类器进行比较

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基因组分类Epigenomics

PRJNA1425294: A MAGIBU-BASED MODEL FOR PEDIATRIC AND JUVENILE CNS TUMORS: AN IN-HOUSE EPIGENETIC DECISION-SUPPORT FRAMEWORK COMPARED WITH ONLINE DNA METHYLATION CLASSIFIERS

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

基于MAGIBU的儿童及青少年中枢神经系统肿瘤模型：本地表观遗传决策支持框架与在线DNA甲基化分类器的比较

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1425294），英文名称为“PRJNA1425294: A MAGIBU-BASED MODEL FOR PEDIATRIC AND JUVENILE CNS TUMORS: AN IN-HOUSE EPIGENETIC DECISION-SUPPORT FRAMEWORK COMPARED WITH ONLINE DNA METHYLATION CLASSIFIERS”。其主题标签为表观遗传学（Epigenomics），在分类上属于肿瘤 / 脑肿瘤范畴。数据集内容围绕一个基于 MAGIBU 的儿童及青少年中枢神经系统肿瘤模型展开，该模型被描述为本地表观遗传决策支持框架，并与在线 DNA 甲基化分类器进行比较。整体而言，该数据集面向儿童和青少年中枢神经系统肿瘤的表观遗传学分类与决策支持研究，来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录。

【数据集背景】

该数据集所属的 BioProject 记录来自 NCBI。BioProject 是围绕单一研究计划或项目汇集生物数据的集合，其来源可以是单个组织，也可以是一个联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为表观遗传学，分类归属为肿瘤 / 脑肿瘤，具体聚焦于儿童及青少年中枢神经系统肿瘤。其英文名称表明，该工作提出一个基于 MAGIBU 的模型，作为本地表观遗传决策支持框架，并与在线 DNA 甲基化分类器进行比较。源站标题为“A MAGIBU-BASED MODEL FOR PEDIATRIC AND JUVENILE CN... (ID 1425294) - BioProject - NCBI”。

【数据内容】

该数据集的内容围绕儿童及青少年中枢神经系统肿瘤的表观遗传学决策支持模型展开。根据其英文名称，核心内容包括一个基于 MAGIBU 的模型，该模型被定位为本地表观遗传决策支持框架，并与在线 DNA 甲基化分类器进行比较。主题标签为表观遗传学，分类为肿瘤 / 脑肿瘤。关于具体样本数量、数据类型、文件格式、数据规模、甲基化位点信息、分类器性能指标等，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目 ID 为 1425294。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划或项目汇集生物数据的集合，来源于单个组织或联合体，并提供链接以查找该项目产生的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体机构名称、测序平台、实验流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于儿童及青少年中枢神经系统肿瘤的表观遗传学研究和决策支持相关场景。其主题标签为表观遗传学，分类属于肿瘤 / 脑肿瘤。英文名称表明其涉及基于 MAGIBU 的本地表观遗传决策支持框架，并与在线 DNA 甲基化分类器进行比较，因此可用于与中枢神经系统肿瘤甲基化分类、本地决策支持框架评估以及在线分类器对比相关的研究。关于具体的临床适用性、诊断准确性、预后评估等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1425294）进行访问。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具、模型参数、运行环境等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，主题标签为表观遗传学，分类为肿瘤 / 脑肿瘤。关于数据质量、样本代表性、批次效应、模型验证程度、分类器性能、局限性等，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目 ID 为 1425294。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制等，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319846

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1425294

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNA甲基化谱分析广泛用于中枢神经系统肿瘤分类。我们开发了MAGIBU，这是一种内部框架，通过UMAP投影将DNA甲基化数据整合到参考中枢神经系统肿瘤图谱上，并基于表观遗传学邻近度对肿瘤类别进行排序。MAGIBU不提供预定义的诊断，而是提供定量信息以支持整合评估。我们在八例形态学上具有挑战性的儿童中枢神经系统肿瘤中评估了MAGIBU，这些肿瘤在机构审查和中心审查中组织病理学均未明确。参考诊断基于七例在Heidelberg CNS Tumor Methylation Classifier和Methylscape Analysis之间结果一致的病例确定，这两种分类器在临床实践中广泛使用，作为共识参考。还应用了表观基因组数字病理学（EpiDiP），这是一种基于降维的补充方法。EpiDiP在七例中有五例不一致，将低级别肿瘤归入高级别类别。

相比之下，MAGIBU在7例中有2例不一致：1例为重大不一致，即一例弥漫性软脑膜胶质神经元肿瘤被置于间变性毛细胞型星形细胞瘤附近；另1例为轻微不精确，即一例幕下FGFR1改变的毛细胞型星形细胞瘤与其他幕下毛细胞型星形细胞瘤聚类，但未识别出其分子亚型。MAGIBU分类与参考诊断出现分歧的这两例均涉及罕见肿瘤实体，这些实体在现有参考数据集中代表性极低或完全缺失。在第8例中，海德堡CNS肿瘤甲基化分类器无法分类，而Methylscape分析将其归为神经节胶质瘤，EpiDiP提示其与高级别胶质瘤相似，而MAGIBU则将该肿瘤置于非肿瘤组织附近。总体而言，在大多数病例中，MAGIBU与已建立的甲基化分类器所给出的共识诊断一致，并提供了一个定量的、鉴别性的框架，支持整合

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别