基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

日本髓母细胞瘤队列的分子与临床特征：使用经济可及的诊断方法进行亚组特异性预后分层

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1380105，英文名称为“PRJNA1380105: Molecular and clinical features of a Japanese medulloblastoma cohort: Subgroup-specific prognostic stratification using economical/accessible diagnostic methods”。项目聚焦日本髓母细胞瘤队列的分子与临床特征，并涉及利用经济、可及的诊断方法进行亚组特异性预后分层。其主题标签为 Epigenomics，本站将其归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向。整体来看，该数据集面向髓母细胞瘤这一脑肿瘤类型的分子与临床研究，强调在诊断方法可及性与经济性条件下开展预后分层分析，适合关注脑肿瘤分子特征、表观基因组学以及临床预后研究的用户参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1380105。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议组织起来的生物数据集合，通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的标题表明其研究对象为日本髓母细胞瘤队列，研究重点包括分子与临床特征，以及利用经济、可及的诊断方法进行亚组特异性预后分层。本站分类将其归入肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为 Epigenomics，说明该项目与表观基因组学数据存在关联。

【数据内容】

源站未提供具体的数据类型、样本数量、文件格式、数据规模或变量字段等细节。根据项目标题可知，该项目涉及日本髓母细胞瘤队列的分子与临床特征，并围绕亚组特异性预后分层展开，且与表观基因组学主题相关。但除上述概括性信息外，源站未提供可进一步展开的数据内容说明。

【采集与来源】

该项目来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1380105。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划或倡议汇集生物数据的入口，可能链接到由该项目产生的多种数据类型。该项目的具体采样地点、采集时间、纳入标准、机构信息及数据生成平台等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于关注日本髓母细胞瘤队列分子与临床特征的研究场景，也可用于了解在强调经济、可及诊断方法的条件下开展亚组特异性预后分层的相关研究。其主题标签为 Epigenomics，因此对表观基因组学方向的分析也可能具有参考价值。本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，适合脑肿瘤相关研究领域的使用者关注。但具体适用分析类型、可支持的统计方法或临床转化用途，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方式，包括数据下载路径、访问协议、分析流程、软件工具或预处理步骤等。用户如需使用，应依据 NCBI BioProject 记录所提供的统一入口查找该项目关联的多种数据类型，但具体操作细节源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息、数据完整性说明、批次效应控制、样本代表性或验证结果等。由于该项目标题涉及特定国家队列及特定诊断方法背景，其结论外推范围可能受研究设计影响，但源站未提供具体限制说明。使用者在解释或再利用该数据时，应关注源站记录中可能提供的原始说明，但相关质量与限制细节源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或授权要求。用户在使用或传播相关数据前，应自行查阅 NCBI BioProject 记录及其关联数据页面中的引用与许可信息，但具体内容源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE313522

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1380105

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓母细胞瘤是一种在生物学和临床上具有异质性的儿童脑肿瘤。然而，大规模分子亚群研究主要在西方人群中进行，来自亚洲的全面数据仍然有限。为填补这一空白，我们通过日本儿童分子神经肿瘤学组（JPMNG）从39家机构收集了242例髓母细胞瘤病例进行分析。采用基于NanoString的基因表达谱分析、DNA甲基化芯片以及多重连接依赖性探针扩增（MLPA）进行拷贝数分析，并辅以靶向测序，完成了集中化的分子分型。总体设计：本次提交包含来自JPMNG队列中收集的65例原发性髓母细胞瘤肿瘤样本的全基因组DNA甲基化谱。所有样本均为初诊时获取的未经治疗的手术肿瘤组织。未施加任何实验性处理或时间进程条件。该数据集涵盖髓母细胞瘤的四个已确立分子亚群：WNT、SHH、第3组（G3）和第4组（G4）。

亚组标签是通过基于DNA甲基化的分类器分配的，并反映在样本标题中。本数据集旨在提供原始IDAT文件和处理后的甲基化值，以支持分子亚组分类和比较表观基因组分析。所有样本均使用Illumina Infinium HumanMethylation450K或MethylationEPIC BeadChip平台进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别