PRJNA1321372：有丝分裂期SOX2磷酸化限制基因组损伤 [ChIP-Seq 2]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1321372

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

先锋转录因子（TFs）如SOX2在控制干细胞身份中发挥关键作用，并在多种人类癌症中失调。例如，SOX2调控神经干细胞（NSCs）的自我更新，通常在胶质母细胞瘤干细胞中高表达，已知其可诱导未成熟NSC样状态。在此，我们探索了细胞分裂过程中磷酸化对SOX2的调控，并发现了有丝分裂期SOX2作为基因组损伤诱导因子的意外作用。我们发现，SOX2在NSCs有丝分裂期间采用一种独特的磷酸化状态，受有丝分裂激酶CDK1调控。SOX2基因组占据和染色质可及性的定位显示，一部分SOX2保持与间期靶标结合，这与有丝分裂书签化一致，但磷酸化的SOX2重新分布到组成型异染色质，包括端粒。消除SOX2磷酸化会导致全基因组范围内的混杂染色质结合，并引发有丝分裂通过时间延长和DNA损伤易感性增加。

这些发现表明，有丝分裂过程中SOX2蛋白水平过高会引发染色质的不当开放以及下游的染色体损伤。因此，癌症中SOX2水平升高可能具有双重致癌作用：一方面通过其众所周知的转录作用在间期赋予干细胞特性，另一方面由于其不受约束的先驱因子活性在有丝分裂期间诱导基因组损伤。总体设计：使用ChIP-seq、RNA-seq和ATACseq进行了基因组结合/占据分析和转录谱分析。该数据集涉及对有丝分裂和间期过程中S253位点磷酸化的SOX2及总SOX2的ChIPseq分析。实验组包括对照mNSC或阻滞在有丝分裂期的mNSC。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。