PRJNA1305365：IDHwt胶质母细胞瘤的表观遗传演化

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1305365

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数据说明

尽管IDH野生型胶质母细胞瘤的遗传演化已被广泛研究，但针对其表观遗传演化的研究却较为有限。理解表观遗传演化尤为重要，因为MGMT启动子的去甲基化可能成为治疗耐药的一种途径。方法我们对来自IDH野生型胶质母细胞瘤患者的64对匹配的原发-复发样本进行了全基因组DNA甲基化数据的生成。数据与三个公开可用的数据集合并，最终形成一个包含418个样本的队列。在合并数据集中，我们确定了全基因组DNA甲基化的变化。MGMT启动子甲基化状态通过MGMT-STP27算法定义。采用CoxPH回归分析所识别变化对生存的影响。结果我们的分析表明，IDH野生型胶质母细胞瘤的甲基化组高度稳定。确实发生的变化大多可归因于肿瘤纯度的差异。在疾病进展时，从MGMT启动子甲基化状态转变为非甲基化状态的情况较少发生，但显著多于相反方向的转变。

与保持MGMT甲基化的患者相比，发生转换的患者总生存期和无进展生存期均较差。与既往报道相似，MGMT启动子甲基化状态与总生存期、无进展生存期及复发后生存期显著相关。尽管存在如此大的生存差异，很少有CpG位点与MGMT甲基化状态共甲基化。在这些位点中，绝大多数位于MGMT基因体内，且与MGMT启动子甲基化状态呈负相关。结论：IDH野生型胶质母细胞瘤的甲基化组在肿瘤进展过程中高度稳定。这种稳定性同样存在于MGMT启动子中。总体设计：全基因组DNA甲基化数据来自GSAM（胶质母细胞瘤-可操作突变稳定性）研究中纳入的64例患者样本。所有GSAM样本的DNA甲基化谱分析均使用

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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