基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

IDH突变胶质瘤起源于携带初始驱动突变的胶质祖细胞空间转录组数据集

该数据集为 NCBI BioProject 编号 PRJNA1291638（关联 GSE275791）的空间转录组学数据，主题为 IDH 突变胶质瘤起源于携带初始驱动突变的胶质祖细胞。其源站标题为“IDH-mutant gliomas arise from glial progenitor cel... (ID 1291638) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站分类归入肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Other。整体来看，该数据集围绕 IDH 突变胶质瘤的细胞起源问题，提供了空间转录组层面的数据资源，可用于探索胶质祖细胞与初始驱动突变之间的关系。

【数据集背景】

该数据集对应的研究主题为 IDH 突变胶质瘤的起源机制，具体指向携带初始驱动突变的胶质祖细胞。IDH 突变胶质瘤是脑肿瘤研究中的重要对象，而“起源细胞”问题一直是理解肿瘤发生过程的关键环节。该 BioProject 记录所关联的 GSE275791 及空间转录组学数据，正是围绕这一主题组织起来的。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合，其记录为用户提供一个统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。因此，该数据集并非孤立的数据文件，而是一个项目级别的入口，指向与 IDH 突变胶质瘤起源研究相关的空间转录组数据。

【数据内容】

该数据集的核心内容为空间转录组学数据，关联编号为 GSE275791。其主题聚焦于 IDH 突变胶质瘤起源于携带初始驱动突变的胶质祖细胞。空间转录组学通常用于在保留组织空间位置信息的前提下检测基因表达，但该数据集具体的样本数量、基因覆盖范围、空间分辨率、测序平台、数据文件格式与体积等信息，源站未提供。除空间转录组学这一数据类型外，是否还包含其他组学或辅助数据，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号 PRJNA1291638，关联 GSE275791，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站标题显示其与“IDH-mutant gliomas arise from glial progenitor cel...”相关，完整标题在源站以截断形式呈现。关于样本采集的具体组织类型、物种、样本量、采集地点、时间跨度、伦理审批信息以及实验操作流程等，源站未提供。该记录作为 BioProject 条目，主要提供项目层面的链接入口，而非详细的实验方法描述。

【适用场景】

该数据集适用于与 IDH 突变胶质瘤起源相关的空间转录组研究场景，例如探索胶质祖细胞在肿瘤发生中的角色、分析携带初始驱动突变的细胞群体，以及结合空间信息研究脑肿瘤微环境等。由于本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，其潜在应用领域包括神经肿瘤学、肿瘤生物学和空间转录组数据分析。但具体适用的分析任务、可回答的科学问题以及是否适合临床转化研究，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA1291638 进行访问，并可通过关联编号 GSE275791 查找相关数据。用户通常可在 NCBI 或 GEO 相关页面中检索该编号，进而获取项目链接与数据下载入口。关于具体的数据下载方式、文件组织格式、预处理步骤、分析工具推荐以及是否提供配套代码或流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录，源站描述强调其作用是提供单一入口以链接该项目产生的多种数据类型，而非直接呈现完整的实验细节或质控指标。因此，关于数据质量、测序深度、重复性、批次效应、样本代表性以及潜在偏差等信息，源站未提供。此外，源站标题存在截断，完整标题需以源站实际页面为准。使用时应结合关联的 GSE275791 记录进一步核实数据内容与适用范围。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制以及是否需要遵守特定数据共享政策，源站未提供。用户在使用前应查阅 NCBI BioProject 及关联 GSE275791 页面的官方说明，以确认引用要求和许可条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302642

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1291638

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

发现携带初始驱动突变的起源细胞，为理解肿瘤演化及开发新疗法提供了根本依据。对于异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤——50岁以下成人中最常见的恶性原发性脑肿瘤——其起源细胞仍知之甚少。在此，我们利用患者脑组织和基因组编辑小鼠，确定了胶质祖细胞（GPCs），包括少突胶质祖细胞（OPCs），作为携带IDH突变这一初始驱动突变的胶质瘤起源细胞类型。我们对来自70名患者（32例IDH突变型胶质瘤和38例IDH阴性对照）的142份组织进行了全面的深度测序，包括微滴数字PCR以及深度 panel 和扩增子测序，这些组织包括肿瘤、组织学正常的瘤周区域或脑室下区（SVZs）以及血液。令人惊讶的是，在37.9%（29例中的11例）的IDH突变型胶质瘤患者中，远离肿瘤的正常瘤周区域发现了低水平的IDH突变，而在SVZ中未检测到IDH突变。

整合细胞类型特异性突变分析、克隆演化方向、患者脑组织的空间转录组学以及一种源自突变OPC的新型IDH突变胶质瘤小鼠模型，我们确定，包括OPC在内的携带初始驱动突变的GPC是IDH突变胶质瘤发生和演化的原因。总之，我们的结果表明，含有IDH突变的GPC是IDH突变胶质瘤中携带初始驱动突变的起源细胞。总体设计：为了了解正常瘤周组织中突变细胞的空间组织，我们使用Xenium平台对IDH突变胶质瘤样本的FFPE切片进行了空间转录组学分析。定制的Xenium mRNA捕获探针在空间分辨的环境中，以单细胞分辨率检测突变IDH1转录本以及经典细胞类型标记探针。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别