PRJNA1242776：综合血清代谢快照实现脑干胶质瘤诊断、预后与监测 [II]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298321

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脑干胶质瘤（BSG）是一种高度恶性的儿童中枢神经系统肿瘤，预后较差，5年生存率<10%。放疗期间的代谢是一个动态且精确编程的过程，改善临床结局并指导BSG的治疗决策。在此，我们首次基于横断面研究和纵向队列研究，通过循环代谢物构建了BSG的诊断和预后检测方法，共纳入106例BSG患者。我们采用纳米颗粒增强激光解吸/电离质谱技术，表征BSG放疗期间代谢物的高分辨率静态和动态快照。我们表明，该血清学工具在独立盲法测试中达到0.933的曲线下面积用于BSG诊断，并以显著差异（p < 0.05）预测患者预后结局的风险。我们进一步识别了八种与放疗反应相关的代谢物调控的独特时间模式，并通过整个放疗过程中的动态代谢快照追踪代谢轨迹。

若进一步验证，该框架可扩展用于推导包括但不限于BSG在内的癌症的全面代谢图谱。总体设计：本研究以SPF级雌性BALB/c裸鼠为实验对象，鼠龄4-6周，体重18-20 g，并根据既往研究对实验方法进行了改良。所有动物护理和实验均经上海交通大学医学院附属新华医院动物伦理委员会批准（批准号#XHEC-F-2023-031）。为建立原位颅内异种移植模型，用编码增强型绿色荧光蛋白（eGFP）和萤火虫荧光素酶（ffLuc）的慢病毒载体转导DIPG-XH-01细胞。转导阳性的细胞随后在植入前通过荧光激活细胞分选（FACS）进行分选，以达到大于95%的纯度。在深度麻醉下

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。