低级别星形细胞瘤 Affymetrix SNP 芯片数据

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低级别星形细胞瘤 Affymetrix SNP 芯片数据

PRJNA111833 是一个针对儿童低级别星形细胞瘤的 Affymetrix SNP 芯片数据集，来源于 ebi.ac.uk，在肿瘤 / 脑肿瘤分类下收录。该数据集围绕 21 例儿童低级别星形细胞瘤开展拷贝数分析，通过 Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array 进行检测，并将肿瘤样本与两份正常男性 DNA 对照的均值进行比较。分析发现，在染色体 7q34 带存在一个 1.9Mb 的离散拷贝数获得，该获得在 12/14 例小脑毛细胞型星形细胞瘤中检出。后续对肿瘤 cDNA 的分析进一步在这些肿瘤中鉴定出一个位于 KIAA1549 与 BRAF 之间的新型基因融合。该数据集为研究儿童低级别星形细胞瘤的拷贝数变异及基因融合特征提供了芯片层面的数据基础。

【数据集背景】

该数据集聚焦于儿童低级别星形细胞瘤的拷贝数分析。低级别星形细胞瘤是儿童中较常见的一类脑肿瘤，其分子特征对于理解肿瘤发生机制具有重要意义。源站描述指出，对 21 例儿童低级别星形细胞瘤的拷贝数分析识别出染色体 7q34 带一个 1.9Mb 的离散拷贝数获得，并且该获得在 12/14 例小脑毛细胞型星形细胞瘤中存在。随后对肿瘤 cDNA 的分析鉴定出 KIAA1549 与 BRAF 之间的新型基因融合。这些发现构成了该数据集的核心研究背景。

【数据内容】

该数据集包含 Affymetrix SNP 芯片数据，具体为 Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array 的检测结果。研究对象为 21 例儿童低级别星形细胞瘤，其中包括 14 例毛细胞型星形细胞瘤、4 例弥漫性星形细胞瘤、1 例毛细胞黏液样星形细胞瘤、1 例毛细胞黏液样胶质瘤和 1 例多形性黄色星形细胞瘤。肿瘤样本与两份正常男性 DNA 对照的均值进行比较，用于拷贝数分析。源站描述还提到，后续对肿瘤 cDNA 的分析鉴定出 KIAA1549 与 BRAF 之间的新型基因融合。除上述内容外，源站未提供更多关于数据文件类型、样本元数据或原始数据规模的信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，英文名称为 PRJNA111833: Affymetrix SNP array data for low-grade astrocytoma samples。数据基于 Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array 平台产生，样本为 21 例儿童低级别星形细胞瘤，对照为两份正常男性 DNA 的均值。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息或具体实验流程的更多细节。

【适用场景】

该数据集适用于儿童低级别星形细胞瘤的拷贝数变异研究，尤其是染色体 7q34 带 1.9Mb 离散拷贝数获得的检测与分析。由于该获得在 12/14 例小脑毛细胞型星形细胞瘤中检出，并伴随 KIAA1549 与 BRAF 之间的新型基因融合，该数据集也可用于探讨该基因融合与肿瘤亚型之间的关系。此外，该数据集可用于方法学比较，例如基于 Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array 的拷贝数分析流程验证。源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

该数据集可通过 ebi.ac.uk 获取，具体访问方式、下载链接、文件格式及数据处理步骤源站未提供。使用时可参考源站描述中提及的分析设计：以 21 例儿童低级别星形细胞瘤为研究对象，以两份正常男性 DNA 对照的均值为参照进行拷贝数分析。源站未提供关于数据预处理、归一化、拷贝数调用或基因融合验证的具体操作指南。

【质量与限制】

该数据集基于 Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array 产生，样本量为 21 例儿童低级别星形细胞瘤，对照为两份正常男性 DNA 的均值。源站描述中未提供关于数据质量评分、缺失值比例、批次效应或技术重复的信息。该数据集的发现基于特定样本集，包括 14 例毛细胞型星形细胞瘤、4 例弥漫性星形细胞瘤、1 例毛细胞黏液样星形细胞瘤、1 例毛细胞黏液样胶质瘤和 1 例多形性黄色星形细胞瘤，因此其结论的外推需谨慎。源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款信息。