青少年毛细胞型星形细胞瘤寡核苷酸微阵列表达分析揭示两个潜在亚组
青少年毛细胞型星形细胞瘤（JPA）是儿童最常见的脑肿瘤之一。使用 Affymetrix GeneChip U133A 测定的 21 例 JPA 的表达谱与正常小脑受试者进行了比较
基本信息
资源简介
青少年毛细胞型星形细胞瘤寡核苷酸微阵列表达分析揭示两个潜在亚组
青少年毛细胞型星形细胞瘤（Juvenile Pilocytic Astrocytoma，JPA）是儿童群体中最常见的脑肿瘤之一。该数据集围绕 JPA 的基因表达特征展开，采用 Affymetrix GeneChip U133A 寡核苷酸微阵列平台，对 21 例 JPA 样本进行了表达谱测定，并将其与正常小脑受试者的表达谱进行比较。研究通过表达分析揭示了 JPA 中多个生物学过程相关基因的显著失调，并进一步通过无监督层次聚类将 21 例 JPA 划分为两个主要亚组，随后利用显著性分析软件识别出亚组间差异表达的基因。该数据集属于肿瘤 / 脑肿瘤分类，来源于 ebi.ac.uk，为探索 JPA 的分子分型与发病机制提供了转录组层面的数据基础。
【数据集背景】
毛细胞型星形细胞瘤是儿童中最常见的脑肿瘤之一，其分子特征和潜在亚型划分一直是研究的重点。该数据集正是针对这一临床问题而构建，旨在通过寡核苷酸微阵列技术获取 JPA 的表达谱，并将其与正常小脑组织进行对比，从而识别与肿瘤发生发展相关的基因表达变化。研究还试图通过聚类分析判断 JPA 是否存在可区分的分子亚组，为后续的机制研究和分型探索提供依据。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 21 例 JPA 样本的基因表达谱，测定平台为 Affymetrix GeneChip U133A。这些表达谱与正常小脑受试者的数据进行了比较。分析发现，涉及神经发生、细胞黏附、突触传递、中枢神经系统发育、钾离子转运、蛋白质去磷酸化以及细胞分化等生物学过程的基因在 JPA 中显著失调。此外，研究者使用一组具有高协方差（0.5–10）的 848 个基因，通过无监督层次聚类将 21 例 JPA 进一步划分为两个主要组别。随后，利用 Significance Analysis of Microarrays 软件对这两个潜在亚组进行监督分析，鉴定出一批显著差异表达的基因，这些基因涉及细胞黏附、细胞生长调控、细胞运动、神经髓鞘形成以及血管生成等过程。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。样本为 21 例青少年毛细胞型星形细胞瘤，表达谱测定使用 Affymetrix GeneChip U133A 平台，并与正常小脑受试者进行比较。关于样本的具体采集时间、采集地点、伦理审批信息以及正常小脑受试者的详细数量与来源，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于脑肿瘤尤其是儿童毛细胞型星形细胞瘤的转录组水平研究，可用于探索 JPA 与正常小脑组织之间的基因表达差异，分析神经发生、细胞黏附、突触传递、中枢神经系统发育、钾离子转运、蛋白质去磷酸化、细胞分化等通路的失调情况。同时，该数据集也可用于 JPA 分子亚型的聚类分析与差异表达分析，帮助研究者识别与细胞黏附、细胞生长调控、细胞运动、神经髓鞘形成和血管生成相关的候选基因。此外，该数据集可作为 JPA 分子分型研究的基础数据，用于比较不同亚组之间的表达特征。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。使用者可基于 Affymetrix GeneChip U133A 平台的表达谱数据，开展与正常小脑样本的差异表达比较，或复现基于 848 个高协方差基因的无监督层次聚类分析，以验证两个主要亚组的划分。对于亚组间的监督分析，可参考使用 Significance Analysis of Microarrays 软件识别差异表达基因。关于数据的具体下载格式、预处理步骤、标准化方法以及分析流程的详细说明，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 21 例 JPA 样本，样本量相对有限，可能影响统计功效与结论的泛化能力。数据来源于 Affymetrix GeneChip U133A 平台，其探针覆盖范围与检测灵敏度受该平台特性约束。关于样本的临床病理信息、随访数据、批次效应、数据质量控制指标以及是否存在技术重复等信息，源站未提供。此外，源站描述在“Immunos”处中断，后续内容未完整呈现，因此与该部分相关的具体信息无法确认。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。关于该数据集的正式引用文献、作者列表、发表年份、数据使用许可协议以及具体的引用格式，源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA110813
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
青少年毛细胞型星形细胞瘤（JPA）是儿童中最常见的脑肿瘤之一。采用Affymetrix GeneChip U133A芯片测定了21例JPA的表达谱，并与正常小脑受试者进行比较。发现参与神经发生、细胞黏附、突触传递、中枢神经系统发育、钾离子转运、蛋白质去磷酸化及细胞分化的基因在JPA中显著失调。通过无监督层次聚类，利用一组协方差较高（0.5-10）的848个基因，将这21例JPA进一步聚为两大组。使用微阵列显著性分析软件对这两个潜在亚组进行有监督分析，鉴定出一系列显著差异表达的基因，涉及细胞黏附、细胞生长调控、细胞运动、神经髓鞘形成及血管生成。对18例未完全切除的JPA石蜡切片进行髓鞘碱性蛋白免疫染色，结果提示不含髓鞘碱性蛋白阳性染色肿瘤细胞的JPA可能具有更高的进展倾向。
总体设计：在经机构审查委员会批准的方案下，于德克萨斯儿童医院、贝勒医学院，在获得知情同意后，从接受肿瘤切除或其他肿瘤相关神经外科手术的患者中获取脑肿瘤组织。正常小脑组织样本（n = 2）从手术切除的肿瘤组织邻近组织中分离获得。部分肿瘤组织用10%甲醛固定并石蜡包埋，用于切片和病理复查，剩余组织样本在液氮中速冻，并保存于–80°C用于RNA提取。所有样本均在初诊时获取，患者此前未接受过化疗或放疗。正常胎儿脑RNA购自Stratagene（加利福尼亚州拉霍亚），正常小脑RNA购自Ambion公司（德克萨斯州奥斯汀）。总RNA被
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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