PRJEB11003：少突胶质细胞肿瘤整合基因组分析的miRNA数据
该数据集来自法国国家抗癌联盟的CIT项目，聚焦少突胶质细胞肿瘤（OT）的miRNA数据，属于脑肿瘤研究范畴。源站描述指出，研究对156例OT进行了转录组、基因组和甲基化组的整合分析，在已知3个分子亚类之外，于1p/19q共缺失肿瘤中识别出3个亚组，并与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及神经
基本信息
资源简介
PRJEB11003：少突胶质细胞肿瘤整合基因组分析的miRNA数据
PRJEB11003 是一项聚焦少突胶质细胞肿瘤（oligodendroglial tumours，OT）的 miRNA 数据集，归属于肿瘤／脑肿瘤分类，来源为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据来自法国国家抗癌联盟（Ligue Nationale Contre le Cancer）的肿瘤身份卡（Cartes d'Identite des Tumeurs，CIT）项目。相关研究对 156 例少突胶质细胞肿瘤开展了转录组、基因组与甲基化组的整合分析，在目前已知的三个分子亚类之外，于 1p/19q 共缺失肿瘤中进一步识别出三个亚组，这些亚组与少突胶质祖细胞（OPC）、星形胶质细胞、少突胶质细胞及神经元谱系基因的不同表达模式相关，并在公共数据集中得到验证。该数据集即为这一整合性基因组分析中的 miRNA 数据部分，为研究少突胶质细胞肿瘤的分子分型提供了组学层面的资料。
【数据集背景】
少突胶质细胞肿瘤是一组异质性较强的胶质瘤。依据 IDH 突变与 1p/19q 共缺失状态，目前可区分出三个分子亚组。该数据集所依托的研究正是在这一分类框架基础上展开：通过对 156 例少突胶质细胞肿瘤的转录组、基因组和甲基化组进行整合分析，研究者在三个已知分子类别之外，进一步在 1p/19q 共缺失肿瘤内部识别出三个亚组，并发现这些亚组与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的表达模式差异相关。其中，OPC 样（OPC-like）组表现出更具侵袭性的组织学与基因组特征，并伴有 MYC 激活，且该激活通过多种不同的改变实现。上述三个亚组的有效性在公共数据集中得到了确认。该数据集作为这一研究工作的 miRNA 数据，属于法国国家抗癌联盟 CIT 项目的组成部分。
【数据内容】
该数据集的主题为少突胶质细胞肿瘤的 miRNA 数据，是上述整合性基因组分析中 miRNA 层面的内容。源站描述提及研究整体覆盖转录组、基因组与甲基化组，并涉及 156 例肿瘤样本；miRNA 数据即在这一多组学分析框架下产生。关于 miRNA 数据的具体样本数量、检测平台、数据文件类型、文件数量与数据大小等信息，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于法国国家抗癌联盟（Ligue Nationale Contre Le Cancer）CIT 项目的产出，项目网站为 http://cit.ligue-cancer.net。研究对象的总体为 156 例少突胶质细胞肿瘤。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批、测序或检测的具体流程等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于少突胶质细胞肿瘤分子分型相关的研究场景，尤其是围绕 1p/19q 共缺失肿瘤内部亚组划分的探索，以及结合转录组、基因组、甲基化组与 miRNA 数据的多组学整合分析。由于研究关注 OPC 样亚组与更具侵袭性的组织学、基因组特征及 MYC 激活之间的关联，该数据也可用于支持与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因表达模式相关的比较研究，以及在公共数据集上开展亚组划分的验证性工作。具体分析类型与适用范围应以源站说明为准，源站未提供更详细的适用建议。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用说明，包括数据下载方式、文件组织格式、预处理步骤、分析流程与配套工具等信息。
【质量与限制】
源站描述指出，研究所识别的三个亚组已在公共数据集中得到验证，这为亚组划分的可靠性提供了支持。但就该 miRNA 数据集本身而言，其样本量、数据完整性、缺失情况、批次效应、质控指标与潜在偏倚等信息，源站未提供。使用时应结合源站原始记录核实数据范围与适用条件。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用时建议查阅 ncbi.nlm.nih.gov 上该数据集的原始页面，以及 CIT 项目网站 http://cit.ligue-cancer.net 的相关说明，以获取准确的引用与使用要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB11003
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
法国国家抗癌联盟（Ligue Nationale Contre le Cancer）的肿瘤身份卡（Cartes d’Identite des Tumeurs, CIT）项目（http://cit.ligue-cancer.net）：少突胶质细胞肿瘤（Oligodendroglial tumours, OT）是一组异质性胶质瘤。目前根据IDH突变和1p/19q共缺失区分出三个分子亚组。在此，我们对156例OT的转录组、基因组和甲基化组进行了整合分析。除了已知的三个分子类别外，我们的多组学分类在1p/19q共缺失肿瘤中揭示了三个亚组，这些亚组与少突胶质祖细胞（OPC）、星形细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的不同表达模式相关。这三个亚组的有效性在公共数据集中得到了证实。OPC样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并与MYC激活相关，后者通过多种改变发生，包括MYC位点基因组增益、MYC外显子3低甲基化和microRNA-34b/c下调。在低级别胶质瘤TCGA数据集中，OPC样组与较差的预后相关，且独立于组织学分级。
我们的研究揭示了1p/19q共缺失肿瘤中先前未被认识到的异质性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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