基本信息

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时间序列

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

激酶抑制剂处理的GBM类器官蛋白质组与磷酸化蛋白质组分析

该数据集聚焦患者来源胶质母细胞瘤（GBM）类器官在选择性激酶抑制剂处理后的全局蛋白质组与磷酸化蛋白质组响应，属于肿瘤与脑肿瘤研究方向。研究中将类器官分别暴露于XMU-MP-1（STK3抑制剂）和OSU-03012（PDK1抑制剂）五天，随后提取蛋白质与磷酸肽，并使用timsTOF HT质谱仪进行分析。数据集旨在揭示与GBM中激酶抑制剂响应相关的磷酸化调控信号通路，为理解胶质母细胞瘤的激酶信号调控与药物响应机制提供蛋白质组与磷酸化蛋白质组层面的数据支撑。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤（GBM）是脑肿瘤研究中的重要对象，患者来源类器官为在体外模拟肿瘤细胞信号状态与药物响应提供了实验体系。激酶抑制剂是干预细胞内信号传导的重要工具，选择性抑制STK3或PDK1可能引起蛋白质磷酸化状态的系统性变化。该数据集围绕这一背景，考察GBM类器官在选择性激酶抑制剂作用下的蛋白质组与磷酸化蛋白质组整体响应，目标是揭示与激酶抑制剂响应相关的磷酸化调控信号通路。

【数据内容】

数据集包含患者来源GBM类器官在激酶抑制剂处理条件下的全局蛋白质组与磷酸化蛋白质组数据。实验处理包括XMU-MP-1（STK3抑制剂）与OSU-03012（PDK1抑制剂），处理时间为五天。数据内容涵盖蛋白质与磷酸肽的提取与分析结果，属于蛋白质组与磷酸化蛋白质组层面的 profiling 数据。主题标签为Other。除上述信息外，源站未提供更细化的样本数量、分组结构、蛋白或磷酸肽鉴定数量等具体内容。

【采集与来源】

数据来源于ncbi.nlm.nih.gov。实验材料为患者来源胶质母细胞瘤类器官，处理方式为暴露于XMU-MP-1和OSU-03012五天。样品经蛋白质与磷酸肽提取后，使用timsTOF HT质谱仪进行分析。数据集英文名称为PRJDB37239: Proteomic and phosphoproteomic profiling of GBM organoids treated with kinase inhibitors (PRJCA042201)。本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤。除上述来源与仪器信息外，源站未提供样本采集地点、伦理审批信息及具体实验流程细节。

【适用场景】

该数据集适用于研究与胶质母细胞瘤相关的激酶抑制剂响应机制，尤其是围绕STK3抑制与PDK1抑制所引发的蛋白质组与磷酸化蛋白质组变化。可用于探索磷酸化调控信号通路、比较不同激酶抑制剂处理下的蛋白质与磷酸肽响应特征，以及为GBM类器官药物响应研究提供蛋白质组层面的参考数据。其肿瘤与脑肿瘤分类也使其适合用于脑肿瘤分子机制与信号通路分析场景。

【使用方法】

源站未提供具体的数据使用说明、文件格式、下载方式与分析流程。使用者需依据ncbi.nlm.nih.gov上该项目的公开信息获取数据与相关说明。由于数据集涉及蛋白质组与磷酸化蛋白质组两类数据，分析时需区分蛋白质水平与磷酸肽水平的响应信息，并结合XMU-MP-1与OSU-03012两种处理条件进行解读。具体分析工具、参数与统计方法源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供数据质量评估、缺失值情况、重复性指标或验证结果。该数据集基于患者来源GBM类器官与两种选择性激酶抑制剂处理，其结论适用范围受实验体系与处理条件限制。由于源站未提供样本量、鉴定深度与定量准确性等信息，使用时应结合原始项目页面核实数据完整性与适用性。主题标签为Other，未提供更细粒度的主题分类信息。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款。使用该数据集时应参考ncbi.nlm.nih.gov上对应项目页面的引用与使用政策。数据集英文名称中包含PRJDB37239与PRJCA042201标识，可作为检索与引用定位信息。除上述标识与来源站信息外，源站未提供作者列表、发表文献或数据许可类型等具体内容。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB37239

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB37239

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官在选择性激酶抑制剂处理下的全局蛋白质组和磷酸化蛋白质组响应。类器官分别暴露于XMU-MP-1（STK3抑制剂）和OSU-03012（PDK1抑制剂）五天。提取蛋白质和磷酸肽，并使用timsTOF HT质谱仪进行分析。该数据集旨在揭示GBM中与激酶抑制剂响应相关的磷酸化调控信号通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别