PTEN突变特异性非经典通路作为胶质母细胞瘤独特治疗靶点

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001004753

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

PTEN是恶性肿瘤中最常发生改变的抑癌基因之一。PTEN改变的显性负效应表明，PTEN突变导致的功能异常可能比缺失更具破坏性，而缺失是胶质母细胞瘤（GBM）中最常见的基因组事件。本研究旨在了解各种PTEN错义突变的功能特性，并探讨其临床相关性。利用三星医疗中心GBM队列分析PTEN改变的基因组图谱，并通过癌症基因组图谱数据集进行验证。鉴定出若干热点突变，并评估了其亚细胞分布和表型。我们利用缺乏功能性PTEN的U87MG和患者来源细胞模型，建立了一个过表达这些突变蛋白的癌细胞系文库。PTEN突变被分为两个主要亚群：磷酸酶结构域的错义突变和C2结构域的躯干突变。

我们确定了前一组中四种突变蛋白（H93Y、C124S、R130Q和R173C）的亚细胞定位，并发现它们具有不同的定位；与侵袭性表型相关的突变（“边缘突变”）定位于细胞周边，而R173C突变体则定位于细胞核。边缘替换引起的侵袭性表型不受抗PI3K/Akt药物的影响，但会被微管抑制剂破坏。PTEN突变在其亚细胞定位方面表现出不同的功能特性。此外，磷酸酶结构域中的一些错义突变（“边缘突变”）导致了与细胞骨架组装功能障碍相关的侵袭性增强，因此表明其可能是一个有效的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。