胶质母细胞瘤组织及瘤周区域的MiRNome图谱
该数据集来自omicsdi.org,聚焦胶质母细胞瘤(GBM)组织及瘤周区域的microRNA深度测序数据。样本涵盖短期生存(ST)与长期生存(LT)患者,分别取自明显肿瘤区域(C)和同一患者的瘤周区域(P)

基本信息
资源简介
胶质母细胞瘤组织及瘤周区域的MiRNome图谱
该数据集名为“MiRNome profiling of glioblastoma tissues and peritumoral regions”,来源于omicsdi.org,聚焦胶质母细胞瘤(GBM)组织及瘤周区域的microRNA深度测序数据。胶质母细胞瘤是常见且致死性极高的原发性脑肿瘤,患者预后普遍不良。该数据集通过对短期生存(ST)与长期生存(LT)患者的样本进行分子层面分析,样本分别取自明显肿瘤区域(C)和同一患者的瘤周区域(P),旨在从microRNA层面刻画肿瘤组织与瘤周区域的分子特征。数据集主题标签为Transcriptomics,本站分类归入肿瘤 / 脑肿瘤。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制、引用与许可等方面进行介绍。
【数据集背景】
胶质母细胞瘤(GBM)是最常见且最致命的原发性脑肿瘤。其预后极不乐观,患者通常在确诊后15个月内死亡,这类患者被称为短期生存者(ST);只有一小部分患者能够存活超过36个月,被称为长期生存者(LT)。即使采用包括手术切除、化疗和放疗在内的一线治疗方案,大多数患者的死亡原因仍是肿瘤复发,而约95%的患者复发发生在瘤周组织中。因此,深入理解肿瘤区域与瘤周区域的分子差异,对于揭示GBM复发机制和生存差异具有重要意义。该数据集正是在这一背景下,对ST和LT患者的肿瘤区域(C)与瘤周区域(P)进行microRNA深度测序,以获取全面的分子分析数据。
【数据内容】
该数据集的核心内容是胶质母细胞瘤组织及瘤周区域的microRNA深度测序数据。样本来自短期生存(ST)和长期生存(LT)两类患者,并分别取自明显肿瘤区域(C)和同一患者的瘤周区域(P)。通过microRNA深度测序,数据集收集了相关数据,结果显示瘤周区域(P)与健康白质存在差异,同时与肿瘤区域(C)共享部分特征。数据集的主题标签为Transcriptomics,本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。其英文名称为“MiRNome profiling of glioblastoma tissues and peritumoral regions”。样本采集自短期生存(ST)和长期生存(LT)患者的明显肿瘤区域(C)和瘤周区域(P)。采集手段为microRNA深度测序。关于具体的采集时间、地点、机构、样本量等详细信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于胶质母细胞瘤的分子特征研究,尤其是microRNA层面的表达谱分析。可用于比较短期生存者与长期生存者之间、肿瘤区域与瘤周区域之间的分子差异,探索瘤周区域在肿瘤复发中的作用,以及研究长期生存者与短期生存者预后差异的潜在分子机制。此外,也可用于转录组学相关研究,特别是microRNA深度测序数据的二次分析。关于具体的适用分析工具或平台,源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过omicsdi.org获取。关于数据的具体下载方式、文件格式、数据处理流程、分析工具或代码等,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于microRNA深度测序,样本涵盖ST和LT患者的C区和P区。源站描述中提到,P区域与健康白质不同,但与C区域共享部分特征。关于样本量、测序深度、数据完整性、批次效应、质量控制指标等具体质量信息,源站未提供。使用时应考虑数据集可能存在的局限性,但源站未提供具体限制说明。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等信息,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-3239
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
多形性胶质母细胞瘤(GBM)是最常见且最致命的原发性脑肿瘤。其预后极为不良,患者通常在确诊后15个月内死亡(短期生存者,ST),仅有一小部分患者(长期生存者,LT)能存活超过36个月。即使采用一线治疗方案,包括手术切除后辅以化疗和放疗,大多数病例的死因仍是肿瘤复发,约95%的患者复发发生在瘤周组织。在此,我们对来自同一患者明显肿瘤区域(C)和瘤周区域(P)的ST和LT样本进行了全面的分子分析。通过microRNA深度测序,我们收集的数据显示,P区域与健康白质不同,但与C样本共享若干microRNA
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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