少突胶质细胞肿瘤1p/19q共缺失亚群整合基因组分析miRNA数据
该数据集来自omicsdi.org，属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为Transcriptomics，包含少突胶质细胞肿瘤的miRNA数据
基本信息
资源简介
少突胶质细胞肿瘤1p/19q共缺失亚群整合基因组分析miRNA数据
该数据集为少突胶质细胞肿瘤相关的 miRNA 数据，来源于 omicsdi.org，在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Transcriptomics。其英文名称指向一项针对少突胶质细胞肿瘤的综合基因组分析研究，该研究旨在识别 1p/19q 共缺失少突胶质细胞瘤中的不同亚组。数据集围绕少突胶质细胞肿瘤这一异质性胶质瘤群体展开，涉及转录组层面的 miRNA 信息，并与基因组、甲基化组等多组学数据共同构成对 156 例少突胶质细胞肿瘤的整合分析框架。整体而言，该数据集可用于探索少突胶质细胞肿瘤的分子分型，尤其是 1p/19q 共缺失肿瘤内部的亚组结构及其与谱系基因表达模式之间的关系。
【数据集背景】
少突胶质细胞肿瘤是一组异质性胶质瘤。根据 IDH 突变和 1p/19q 共缺失状态，目前可区分出三个分子亚组。该数据集所属项目为法国国家抗癌联盟的 Cartes d'Identite des Tumeurs（CIT）项目，项目来源网站为 http://cit.ligue-cancer.net。研究对 156 例少突胶质细胞肿瘤进行了转录组、基因组和甲基化组的整合分析。除已知的三个分子类别外，多组学分类在 1p/19q 共缺失肿瘤中进一步揭示了三个亚组，这些亚组与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的不同表达模式相关。这些亚组的有效性在公共数据集上得到了确认。其中 OPC 样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并与通过多种改变发生的 MYC 激活相关。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptomics，包含少突胶质细胞肿瘤的 miRNA 数据。其英文名称表明，该数据服务于一项整合基因组分析，用于识别 1p/19q 共缺失少突胶质细胞瘤中的亚组。源站描述提到对 156 例少突胶质细胞肿瘤的转录组、基因组和甲基化组进行整合分析，并涉及 OPC 样组、星形胶质细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的表达模式，以及 MYC 激活相关改变。关于 miRNA 数据的具体类型、样本数量、检测平台、数据文件格式、变量字段和注释信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来自 omicsdi.org，源站描述指向法国国家抗癌联盟的 CIT 项目，项目网站为 http://cit.ligue-cancer.net。源站描述提及对 156 例少突胶质细胞肿瘤进行整合分析，并在公共数据集上确认了所发现的三个亚组的有效性。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批、受试者纳入排除标准、具体实验流程和数据处理步骤，源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集适用于少突胶质细胞肿瘤的分子分型研究，尤其是围绕 1p/19q 共缺失肿瘤内部亚组的探索。其 miRNA 数据可与转录组、基因组和甲基化组信息结合，用于研究 OPC 样、星形胶质细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因表达模式，以及 MYC 激活相关改变。也可用于在公共数据集上验证亚组分类的有效性。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件组织方式、预处理流程、分析工具、代码示例或使用步骤。
【质量与限制】
源站描述提到，所发现的三个亚组在公共数据集上得到了确认，OPC 样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并与通过多种改变发生的 MYC 激活相关。关于该数据集的质量评估指标、数据完整性、批次效应、样本量限制、平台偏差、缺失值情况以及其他使用限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-3901
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
法国国家抗癌联盟（Ligue Nationale Contre le Cancer）的肿瘤身份卡（Cartes d’Identite des Tumeurs, CIT）项目（http://cit.ligue-cancer.net）：少突胶质细胞肿瘤（Oligodendroglial tumours, OT）是一组异质性胶质瘤。目前根据IDH突变和1p/19q共缺失区分出三个分子亚组。在此，我们对156例OT的转录组、基因组和甲基化组进行了整合分析。除了已知的三个分子类别外，我们的多组学分类在1p/19q共缺失肿瘤中揭示了三个亚组，这些亚组与少突胶质祖细胞（OPC）、星形细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的不同表达模式相关。这三个亚组的有效性在公共数据集中得到了证实。OPC样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并与MYC激活相关，后者通过多种改变发生，包括MYC位点基因组增益、MYC外显子3低甲基化和microRNA-34b/c下调。在低级别胶质瘤TCGA数据集中，OPC样组与较差的预后相关，且独立于组织学分级。
我们的研究揭示了1p/19q共缺失肿瘤中先前未被认识到的异质性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
