LOC283731 启动子高甲基化预测 IDH1 野生型胶质母细胞瘤放化疗后生存

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-74561

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MGMT启动子甲基化状态是目前IDH野生型多形性胶质母细胞瘤（GBM）中唯一确立的分子预后标志物。因此，我们旨在发现新的与治疗相关的表观遗传生物标志物。在使用甲基化CpG免疫沉淀法（MCIp）富集高甲基化片段后，我们对14例长期生存（LTS；>36个月）和15例短期生存（STS；6-10个月）的GBM患者进行了全基因组DNA甲基化谱分析。即使在排除G-CIMP表型后，我们仍观察到LTS和STS甲基化组之间存在显著差异。共有706个基因中的1,247个探针在LTS中呈高甲基化，而305个基因中的463个探针在STS患者中呈高甲基化（p值<0.05，log2倍数变化±0.5）。我们识别出13个差异甲基化区域（DMRs），每个基因至少有四个差异甲基化探针。实际上，我们能够通过第二种独立方法（MassARRAY）在我们的LTS/STS训练集中验证这些DMRs的一个子集（ADCY1、GPC3、LOC283731/ISLR2）。这些DMRs在来自TCGA的非G-CIMP GBM独立验证队列（n=62）中进一步评估了其预后能力。

多个CpG位点的超甲基化定位于LOC283731启动子区域，与患者预后改善相关（p < 0.03）。LOC283731启动子超甲基化的预后价值在第三个独立研究队列中得到证实（n = 89），且独立于性别、体能状态（KPS）和MGMT状态（p < 0.0485，HR = 0.63）。有趣的是，这种预测作用在较年轻的GBM患者（<60岁）中最为显著。总之，我们提供了有力证据表明，这一新基因的启动子甲基化状态是IDH1野生型/非G-CIMP GBM的预后生物标志物。对14例长期生存和15例短期生存的胶质母细胞瘤患者进行了全基因组DNA甲基化谱分析。将7份正常脑组织样本的DNA混合，作为双色分析用的对照DNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。