儿童高级别胶质瘤基因表达与CGH研究

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-TABM-1107

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质瘤研究（基因表达与比较基因组杂交）：脑肿瘤是儿童中最常见的实体瘤，并且在所有儿童实体瘤中死亡率最高。尽管多模式治疗取得了进展，但患有高级别胶质瘤的儿童5年总生存率（OS）通常约为20%。越来越多的证据表明，用于成人高级别胶质瘤管理的生物学知识及组织预后分类可能并不完全适用于儿童。观察者间差异以及儿童肿瘤在世界卫生组织（WHO）分类中的特异性，导致多机构研究中误分类率较高。从90例高级别胶质瘤（HGG）患儿的活检样本中，包括37例弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG），73份提取的RNA已在Agilent 4x44K GE芯片上杂交，71份提取的DNA已在Agilent 44K和4x44K CGH芯片上杂交。该数据集包含来自Feature Extraction的原始数据文件。

基因组数据与临床和组织学数据进行了联合分析，这些数据包括：诊断日期、最后消息日期、WHO分级、中位生存时间时的死亡情况、2年时的死亡情况、脑部肿瘤定位、钆增强T1低信号T2。针对DIPG进行了专项分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。