IDH1突变定义人脑胶质瘤的甲基化类别与生存

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-20395

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、少突星形细胞瘤和室管膜瘤是胶质瘤的主要组织学亚型。这些亚型的分子特征对于理解其病因和治疗具有重要意义。我们利用新型DNA甲基化分析工具描述了这些肿瘤类型的表观遗传景观。甲基化谱与肿瘤组织学和IDH1突变状态之间存在稳健的关联。此外，具有IDH1突变的肿瘤独立预测肿瘤高甲基化表型、组织学、TP53突变状态、患者年龄和生存期。通过整合肿瘤的表观遗传和遗传改变，这项工作为更好地定义胶质瘤的体细胞性质迈出了关键一步，这将极大潜力地影响疾病的临床方法。这项工作利用DNA甲基化分析在恶性脑肿瘤分类方面迈出了重要一步，整合了关于胶质瘤中IDH1突变的知识。

尽管组织学上具有多样性，IDH1突变亚类的表观遗传同质性表明，IDH1突变是独特DNA甲基化表型的“驱动因素”或功能决定因素，这暗示了脑内代谢谱改变的新角色。这种关联跨越了不同的组织学亚型，并展示了遗传改变与表观遗传谱之间的明确关系。新鲜冷冻肿瘤组织是在获得机构审查委员会适当批准后，从加州大学旧金山分校(UCSF)脑肿瘤研究中心组织库获取的。肿瘤诊断时间介于1990年至2003年之间。如果患者先前有低级别胶质瘤的组织学诊断，则肿瘤样本被定义为继发性GBM。肿瘤此前已由UCSF神经病理学家审查，以确定组织学亚型和分级。正常脑组织样本来自无癌症患者，这些患者因治疗癫痫而在UCSF接受了颞叶切除术。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。