儿童颅咽管瘤合理药物治疗靶点识别

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-68015

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言：儿童造釉细胞型颅咽管瘤（ACP）是一种组织学良性但临床侵袭性的脑肿瘤，起源于鞍区/鞍上区。尽管当前的手术和放射治疗使其生存率较高（10年生存率为75-95%），但ACP伴有使人衰弱的视觉、内分泌、神经认知和心理疾病，导致幸存者的生活质量极差。确定一种有效的药物治疗将大幅降低发病率并改善ACP患儿的长期预后。结果：通过对15例ACP患者样本进行微阵列分析，我们发现，相对于其他儿童脑肿瘤、垂体瘤、正常垂体和正常脑组织，若干药物靶点在我们的ACP样本中显著且持续过表达。其中表达最高的包括激酶抑制剂达沙替尼的几个靶点——LCK、EPHA2和SRC；EGFR通路靶点——AREG、EGFR和ERBB3；以及其他可能具有治疗价值的癌症靶点——SHH、MMP9和MMP12。我们通过蛋白质印迹证实，其中一部分靶点在ACP原发肿瘤样本中高表达。

讨论：我们在此报告了首个针对ACP的微阵列基因表达分析，以及用于合理治疗的靶点的识别。目前，针对这些基因产物中每一个的实验性药物正在临床和临床前阶段进行测试，以治疗其他类型的肿瘤。本研究为进一步开展ACP新型药物治疗的临床前和临床研究提供了依据。开发ACP的临床前小鼠和细胞培养模型将进一步促进这些靶点从实验室向临床的转化。使用Affymetrix HG-U133 Plus 2.0芯片从手术肿瘤和正常脑样本（n=210）中生成基因表达谱。将造釉细胞型颅咽管瘤（ACP）的基因表达谱与一组其他肿瘤进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。