HumanCNV-370 少突胶质细胞肿瘤1p/19q共缺失亚组整合基因组分析数据
该数据集来自法国国家抗癌联盟的CIT项目，聚焦少突胶质细胞肿瘤（OT）的整合基因组分析。研究对156例OT样本的转录组、基因组和甲基化组进行多组学分析，在已知三种分子亚型之外，于1p/19q共缺失肿瘤中识别出三个亚组，其与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及神经元谱系基因的表达模式相关，并在
基本信息
资源简介
HumanCNV-370 少突胶质细胞肿瘤1p/19q共缺失亚组整合基因组分析数据
HumanCNV-370 data for an Integrated genomic analysis of oligodendroglial tumours identifies subgroups of 1p/19q co-deleted oligodendrogliomas 是一个聚焦脑肿瘤分子特征的肿瘤基因组学数据集，来源于 omicsdi.org，归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为 Transcriptomics。该数据集对应法国国家抗癌联盟（Ligue Nationale Contre le Cancer）下属 Cartes d'Identite des Tumeurs（CIT）项目的研究工作，研究对象为少突胶质细胞肿瘤（Oligodendroglial tumours, OT）。相关研究对 156 例 OT 样本开展了转录组、基因组和甲基化组的整合分析，在已知的三种分子亚型之外，进一步在 1p/19q 共缺失肿瘤中识别出三个亚组，这些亚组与少突胶质祖细胞（OPC）、星形胶质细胞、少突胶质细胞及神经元谱系基因的不同表达模式相关，并在公共数据集中得到验证。
【数据集背景】
少突胶质细胞肿瘤是一组异质性较强的胶质瘤。依据 IDH 突变状态和 1p/19q 共缺失状态，目前可区分出三种分子亚型。该数据集所依托的研究正是在这一背景下展开，旨在通过整合多组学层面的信息，深化对少突胶质细胞肿瘤分子分型的认识，尤其是针对 1p/19q 共缺失肿瘤这一类别，探索其内部可能存在的进一步亚组结构。该研究由法国国家抗癌联盟的 CIT 项目支持，项目来源站点为 http://cit.ligue-cancer.net。
【数据内容】
该数据集围绕 156 例少突胶质细胞肿瘤样本，涵盖转录组、基因组和甲基化组三个层面的数据内容。研究通过多组学整合分析，在三种已知分子类别之外，于 1p/19q 共缺失肿瘤中揭示了三个亚组。这些亚组与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的不同表达模式相关联。其中，OPC 样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并伴有 MYC 激活，且该激活通过多种不同的改变发生。数据集的英文名称中包含 HumanCNV-370，主题标签为 Transcriptomics。
【采集与来源】
该数据集来自 omicsdi.org，其研究背景为法国国家抗癌联盟的 CIT 项目，项目网址为 http://cit.ligue-cancer.net。源站描述指出，这是一项针对少突胶质细胞肿瘤的整合分析工作，样本量为 156 例 OT。关于样本的具体采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体的实验平台和流程细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于少突胶质细胞肿瘤的分子分型研究，尤其是围绕 1p/19q 共缺失肿瘤内部亚组结构的探索。其多组学构成（转录组、基因组、甲基化组）可用于分析与少突胶质祖细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及神经元谱系基因表达模式相关的分子特征。此外，由于研究中识别出的三个亚组在公共数据集上进行了验证，该数据集也可用于与公共数据集的对照分析，以及针对 OPC 样组侵袭性特征和 MYC 激活相关改变的研究。主题标签 Transcriptomics 表明其可应用于转录组学相关分析场景。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具或代码等均未在给定信息中说明。
【质量与限制】
源站描述提及，研究所识别出的三个亚组在公共数据集上得到了验证，OPC 样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并伴有通过多种改变发生的 MYC 激活。但关于该数据集本身的样本质量评估、批次效应、数据完整性、覆盖度或其它技术性质量指标，源站未提供。此外，该数据集是否包含临床随访信息、预后数据或其它辅助元数据，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-3907
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
法国国家抗癌联盟（Ligue Nationale Contre le Cancer）的肿瘤身份卡（Cartes d’Identite des Tumeurs, CIT）项目（http://cit.ligue-cancer.net）：少突胶质细胞肿瘤（Oligodendroglial tumours, OT）是一组异质性胶质瘤。目前根据IDH突变和1p/19q共缺失区分出三个分子亚组。在此，我们对156例OT的转录组、基因组和甲基化组进行了整合分析。除了已知的三个分子类别外，我们的多组学分类在1p/19q共缺失肿瘤中揭示了三个亚组，这些亚组与少突胶质祖细胞（OPC）、星形细胞、少突胶质细胞和神经元谱系基因的不同表达模式相关。这三个亚组的有效性在公共数据集中得到了证实。OPC样组与更具侵袭性的组织学和基因组特征相关，并与MYC激活相关，后者通过多种改变发生，包括MYC位点基因组增益、MYC外显子3低甲基化和microRNA-34b/c下调。在低级别胶质瘤TCGA数据集中，OPC样组与较差的预后相关，且独立于组织学分级。
我们的研究揭示了1p/19q共缺失肿瘤中先前未被认识到的异质性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
