GSE77307：转录组分析揭示胶质母细胞瘤的恶性与缺氧特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77307

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：胶质母细胞瘤（GBM）是成人中最常见的原发性脑肿瘤，预后差，治疗后中位生存期短。我们利用U87-MG细胞系作为人GBM细胞模型，并利用人脑HEB细胞系作为非肿瘤性脑细胞，在常氧和1% O₂缺氧条件下培养以进行转录谱分析，从而进一步深入了解维持GBM特性的分子基础，并阐明GBM缺氧耐受的分子机制。方法：我们利用U87-MG细胞系作为人GBM细胞模型，并利用人脑HEB细胞系作为非肿瘤性脑细胞，在常氧和1% O₂缺氧条件下培养以进行转录谱分析。并用GBM患者标本验证分析结果。结果：首先，所得数据集揭示了U87-MG细胞中先前未知的蛋白质，包括AKR1B1、MT2A、UBC、EEF1A1和MTRNR2l2，这些蛋白质通过MAPK通路促进GBM特征。同时，我们发现Toll样通路是介导GBM炎症反应功能的新途径。

此外，结果表明细胞因子TGF-β1以及HIFs靶向基因（包括HMOX1和STC1）可作为GBM的缺氧标志物。结论：综上所述，我们的研究确定了新的潜在生物标志物，并阐明了GBM中与炎症相关的基因。更重要的是，独特的缺氧模式为未来GBM缺氧耐受和复发研究提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。