恶性胶质瘤基因表达数据
该数据集为恶性胶质瘤（II-IV级）的基因表达数据，样本为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织，采用Illumina DASL平台检测
基本信息
资源简介
恶性胶质瘤基因表达数据
GSE54004 是一个聚焦恶性胶质瘤基因表达谱的公开数据集，源站标题为“Gene expression data from malignant gliomas”，归类于肿瘤／脑肿瘤方向，数据托管于 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集收录的样本来自不同级别（II–IV 级）的恶性胶质瘤，样本类型为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织，检测基于 Illumina 的 cDNA 介导退火、选择、延伸与连接（DASL）平台完成。数据集共包含 1 个文件，样例文件名为 GSE54004_series_matrix.txt.gz，作者为 John deGroot，发布时间为 Jan 12 201。整体而言，该数据集为研究恶性胶质瘤不同级别间的基因表达特征提供了以 FFPE 样本为基础的芯片表达数据资源。
【数据集背景】
恶性胶质瘤是中枢神经系统常见的恶性肿瘤，其病理分级覆盖 II 至 IV 级，不同级别在生物学行为与临床预后上存在差异。基因表达谱是刻画肿瘤分子特征的重要手段。该数据集以“Gene expression data from malignant gliomas”为题，面向不同级别恶性胶质瘤的基因表达测量，属于肿瘤／脑肿瘤分类下的表达谱数据资源，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE54004_series_matrix.txt.gz，属于系列矩阵形式的表达数据文件。主题标签包括 Expression profiling by array、GPL18281 与 9606，分别对应芯片表达谱、平台编号与物种编号。数据覆盖的样本为 II–IV 级恶性胶质瘤的 FFPE 组织，测量内容为基因表达数据。除上述文件与标签信息外，源站未提供更细的字段说明。
【采集与来源】
样本为福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的不同级别（II–IV）恶性胶质瘤组织，检测采用 Illumina cDNA 介导退火、选择、延伸与连接（DASL）平台。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 John deGroot，发布时间为 Jan 12 201。关于样本采集地点、伦理审批与具体处理流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于恶性胶质瘤不同级别（II–IV 级）基因表达特征的比较研究，也可用于基于 FFPE 样本与 Illumina DASL 平台的表达谱分析方法验证。由于主题标签包含芯片表达谱与平台编号，适合在芯片表达数据分析流程中作为表达矩阵输入使用。具体研究用途应结合数据实际内容判断，源站未提供专门的应用说明。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE54004_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。源站未提供额外的读取脚本或分析步骤说明。
【质量与限制】
该数据集仅含 1 个文件，样本为 FFPE 组织，检测平台为 Illumina DASL。关于数据质量评估、批次效应、缺失值情况与样本量等细节，源站未提供。使用时应注意 FFPE 样本与 DASL 平台带来的技术特点，具体限制需结合源站信息进一步确认。
【引用与许可】
作者为 John deGroot，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 Jan 12 201。关于引用格式与使用许可的具体条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54004
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
采用Illumina cDNA介导的退火、选择、延伸和连接（DASL）平台，对不同级别（II-IV级）恶性胶质瘤的福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）样本进行了检测。选择DASL平台是因为其针对部分降解RNA的专门设计。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
