头颈部副神经节瘤数据集

数据以 GSE49615_series_matrix.txt.gz 形式提供,共 1 个文件,可用于头颈部副神经节瘤的基因组变异特征研究与肿瘤分类相关分析(来源 NCBI)

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基因组分类Genome variation profiling by SNP arrayGPL81799606
GSE49615: Head and neck paragangliomas

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-25

资源简介

头颈部副神经节瘤数据集

GSE49615 是一个以头颈部副神经节瘤为研究对象的公共数据集,源站标题为“Head and neck paragangliomas”,由 NCBI 提供,本站将其归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向。该数据集以 GSE49615_series_matrix.txt.gz 这一压缩文件形式发布,共包含 1 个文件,主题涉及基于 SNP 芯片的基因组变异特征分析,物种为人(9606),关联平台为 GPL8179。整体来看,该数据集适合用于头颈部副神经节瘤的基因组变异特征研究以及与肿瘤分类相关的分析,为相关研究者提供了一个可直接获取的表达矩阵式数据文件入口。

【数据集背景】

头颈部副神经节瘤属于肿瘤研究中的一个特定病种,本站将其归入肿瘤 / 脑肿瘤分类之下。该数据集由 Renato、Mariani-Costantini 提交,发布时间为 Aug 07 201(原文如此)。源站描述指出,该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,说明其组织方式是将若干子系列汇总为一个超级系列,便于围绕同一研究主题集中检索与使用。数据集的主题标签指向 Genome variation profiling by SNP array,表明其研究视角落在基因组变异层面,而非单纯的基因表达谱。

【数据内容】

该数据集的文件数量为 1,文件样例为 GSE49615_series_matrix.txt.gz,即一个 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。从文件命名与格式来看,数据以矩阵形式组织,通常用于承载样本与特征之间的对应关系。主题标签中包含 GPL8179 平台标识与物种标识 9606,前者对应芯片平台,后者对应人类。数据内容围绕头颈部副神经节瘤的基因组变异特征展开,可用于观察样本层面的变异模式。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心。作者信息为 Renato 与 Mariani-Costantini。源站描述仅说明该 SuperSeries 由所列 SubSeries 组成,未提供更详细的采样地点、样本量、临床信息或实验流程说明,这些内容源站未提供。

【适用场景】

依据其主题标签与分类,该数据集可用于头颈部副神经节瘤的基因组变异特征研究,也可用于与肿瘤分类相关的分析工作。由于采用 SNP 芯片进行基因组变异谱分析,其典型用途包括样本间变异模式的比较与分组探索。具体的研究设计细节与可支持的结论范围,源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE49615_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包的格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。由于文件为系列矩阵形式,读取后应关注其行列结构与样本标识的对应关系。更具体的分析步骤与参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,未提供额外的原始数据或补充材料说明。源站描述较为简略,未给出样本量、数据完整性评估或质控指标,相关内容源站未提供。使用时应注意其作为 SuperSeries 的汇总性质,具体子系列信息需另行查阅。发布时间标注为 Aug 07 201,年份信息不完整,源站未提供进一步说明。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Renato 与 Mariani-Costantini。引用时应遵循源站的引用规范,具体的许可条款与使用限制源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE49615

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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