人头颈部副神经节瘤高密度全基因组拷贝数变异数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE49614

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对24例个体副神经节瘤病例进行的以基因为中心的CNV分析，鉴定出104个最显著受肿瘤相关改变靶向的基因。NOTCH信号通路是该基因列表中最显著富集的条目。免疫形态学研究在47例副神经节瘤（包括接受CNV检测的病例）中证实了相关NOTCH通路蛋白在支持（胶质）细胞、主（神经内分泌）细胞和内皮细胞中的过表达。在NOTCH信号基因未见CNV证据的病例中也观察到NOTCH上调，提示该通路存在表观遗传调控的改变。值得注意的是，这一点通过microRNA表达分析得到证实，该分析显示miR-200s和miR-34s家族存在肿瘤相关的下调，其与NOTCH信号相关并直接靶向NOTCH1。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。