人髓母细胞瘤细胞系抗ZFX ChIP-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45394

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Hedgehog（Hh）信号通路调控正常发育和细胞增殖，而其异常激活则导致肿瘤形成。Hh诱导的肿瘤可起源于不同组织，且可表现为惰性或高度侵袭性，例如皮肤的基底细胞癌（BCC）和神经祖细胞来源的髓母细胞瘤（MB）。目前对于控制这类多样化Hh依赖性肿瘤发生的细胞内在因素知之甚少。转录因子Zfx是多种干细胞类型自我更新所必需的，但其在恶性转化中的作用仍存在争议。我们发现，Zfx的缺失可阻止BCC形成，并显著延迟由体内Hh激活引起的MB发展。相反，Zfx对于Hh非依赖性脑肿瘤胶质母细胞瘤的发展并非必需。我们利用人MB细胞系的全基因组表达和染色质结合分析，鉴定了Zfx直接且进化上保守的靶标。这些靶标包括Hh信号转导子Smoothened（Smo），提示Zfx可能直接控制肿瘤中Hh通路的激活。

Zfx的另外两个靶点Dis3L和Ube2j1也是MB细胞体外生长所必需的。这些结果确定了一个多种Hh诱导肿瘤共有的细胞内在调节因子，并提示Zfx及Zfx调控的基因可能成为这些恶性肿瘤的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。