GSE40761：上调的Hedgehog信号促进斑马鱼CNS肿瘤发生

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE40761

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

利用细胞角蛋白5基因启动子，我们在推测为斑马鱼中枢神经系统胶质祖细胞中异位表达了持续激活的斑马鱼smoothened（smoa1）。稳定的转基因斑马鱼出现了视网膜肿瘤和视神经低级别胶质瘤。微阵列分析显示，肿瘤中Hh下游靶点ptc1、gli1和gli2a表达上调。免疫荧光研究证实，Pax2、GFAP、S100和Sox2在胶质瘤中特异性过表达。我们还检测到与胶质瘤发生相关的磷酸化pRb和Mdm2表达上调。我们的结果表明，Hh信号传导失调启动了斑马鱼中枢神经系统的肿瘤发生。斑马鱼视神经维持磷酸化pRb的表达，因此为胶质瘤的发病机制提供了独特的微环境。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。