儿童肾与脑横纹肌样瘤基因表达差异及细胞周期与表观遗传效应基因共同失调

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE35493

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

横纹肌样瘤（RTs）是发生于幼儿早期的侵袭性肿瘤，最常发生于脑（AT/RTs）或肾（KRTs）。无论发生部位如何，其特征均为功能性SMARCB1蛋白缺失，该蛋白是SWI/SNF染色质重塑复合物的组分。本研究旨在确定AT/RTs和KRTs共同失调的基因和生物学过程。利用本实验室的微阵列数据，将AT/RTs的基因表达与其他脑肿瘤及正常脑组织进行比较。利用GEO数据对KRTs及其他肾肿瘤和正常肾组织进行了类似分析。对两项分析中共同失调的基因进行功能意义分析。对RTs进行无监督层次聚类识别出3个主要亚群：2个由AT/RTs组成，1个由KRTs组成。与其他肿瘤相比，各亚群分别有1187、663和539个基因失调。仅14个失调基因在所有3个亚群中共同存在。与正常组织相比，各亚群分别有5209、4275和2841个基因失调，重叠的失调基因有610个。

在这些基因中，与细胞增殖、MYC激活及表观遗传失调相关的进程在所有3个RT亚型中均普遍存在。AT/RTs与KRTs中失调基因的重叠程度较低，提示除SMARCB1缺失外，还有其他因素在决定后续基因表达中发挥作用。针对细胞周期或表观遗传基因的药物可能对所有RTs均有裨益。此外，应考虑针对特定RT亚型分子谱定制的靶向治疗。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。