微重力培养胶质母细胞瘤类器官多组学与空间分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345072

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

创建准确的类器官模型仍是一项挑战，尤其对于胶质母细胞瘤（GBM）这类具有免疫抑制微环境的侵袭性、难治性脑癌而言。为克服地面模型的局限性（沉降和解聚）并利用太空的独特优势（加速疾病进展和免疫失调），本研究利用在国际空间站上培养40天的一组GBM-髓系类器官。与地面对照相比，太空飞行培养的GBM类器官形态更为均一。我们观察到对太空飞行的环境依赖性反应，巨噬细胞和单核细胞的加入改变了整体和空间转录反应。虽然单独GBM类器官在微重力下具有侵袭性较低疾病的转录标志物，但含有GBM细胞+单核细胞的类器官中与疾病进展和患者不良预后相关基因的表达增加。基因表达模式在空间上更有组织性，间充质相关基因富集于核心，炎症相关基因富集于外周，模拟了GBM肿瘤结构。

微重力条件下培养的GBM+单核细胞类器官表现出CXCL12和LOX-1等蛋白质分泌增加，这与更具侵袭性的疾病相关。红外化学成像证实，在太空和地面培养的类器官中均存在DNA、蛋白质和脂质种类的空间化学梯度。总之，这项工作不仅为基研究和转化研究提供了一种新颖、先进的胶质母细胞瘤模型，还展示了在符合太空系统独特限制条件的情况下从类器官获取多样化数据的方法，有助于建立轨道肿瘤学的工作模型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。