胶质母细胞瘤侵袭的代谢与转录组图谱：患者与小鼠原位异种移植比较

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344586

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数据说明

胶质母细胞瘤是最具侵袭性的原发性脑肿瘤，其侵袭行为被认为与肿瘤复发高度相关。然而，侵袭区难以通过磁共振成像（MRI）可视化，且受血脑屏障保护，给治疗带来了特殊挑战。在本研究中，我们基于小鼠患者来源的原位异种移植瘤（PDOX）及相应患者肿瘤中观察到的相关代谢和转录组变化，报告了伴随肿瘤进展和侵袭的侵袭性生长的生物学特征。比较1H磁共振波谱（MRS）衍生的代谢物特征——其反映了PDOX中肿瘤发展和侵袭的时间变化——发现与在患者肿瘤不同区域采样的联合多体素MRS分析的空间代谢物特征高度相似。对与PDOX代谢物谱相关的转录组进行通路分析，识别出侵袭的分子特征，包括细胞外基质降解与重组、生长因子结合以及血管重塑。

对受侵袭小鼠脑组织表达特征的具体分析，揭示了侵袭程度依赖性的免疫反应诱导，再现了在胶质母细胞瘤中观察到的相应特征。整合高侵袭性PDOX的代谢谱与基因表达，为细胞外基质重塑的进展和侵袭相关机制提供了见解，而细胞外基质重塑对于细胞间通讯和细胞过程调控至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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