14对原发与复发胶质瘤RNA-seq图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339484

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质瘤复发仍是临床上的重大挑战，并与患者不良预后相关。为表征与肿瘤复发相关的转录组改变，我们对来自14例患者的配对原发性和复发性胶质瘤组织标本进行了bulk RNA测序。根据2021年世界卫生组织（WHO）中枢神经系统肿瘤分类，胶质母细胞瘤定义为IDH-野生型（IDH-wt）、CNS WHO 4级。基于这些标准，11对病例被归类为胶质母细胞瘤（IDH-wt，4级），而3对IDH突变型、3级胶质瘤病例被纳入作为对照组。我们在配对的原发性和复发性肿瘤之间进行了差异基因表达分析，以识别与复发相关的转录组变化。随后进行了功能富集和通路分析，以研究与所识别的差异表达基因（DEGs）相关的生物学过程和信号通路。

该数据集为探索胶质瘤复发的分子机制提供了资源，并可能有助于识别与疾病进展相关的潜在治疗靶点和生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。