H3K27M增强基础ATM信号但非AZD1390抑制ATM介导弥漫性中线胶质瘤放疗增敏所必需
数据覆盖H3K27M表达患者肿瘤样本及H3K27同源细胞系,涉及ATM启动子区H3K27me3减少、ATM mRNA升高及DNA损伤应答信号增强等特征

基本信息
资源简介
H3K27M增强基础ATM信号但非AZD1390抑制ATM介导弥漫性中线胶质瘤放疗增敏所必需
H3K27M enhances basal ATM signaling but is not required for radiosensitization of diffuse midline glioma via ATM inhibition with AZD1390
该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE337340_series_matrix.txt.gz),主题为H3K27M突变型弥漫性中线胶质瘤(DMG)的ATM信号与放疗增敏研究。数据覆盖H3K27M表达患者肿瘤样本及H3K27同源细胞系,涉及ATM启动子区H3K27me3减少、ATM mRNA升高及DNA损伤应答信号增强等特征。可用于分析H3K27M对基础ATM信号的影响,以及ATM抑制剂AZD1390联合放疗的增敏机制,属于肿瘤/脑肿瘤研究范畴(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Jul 02 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):H3K27改变的弥漫性中线胶质瘤(DMG)是一种侵袭性强且治疗抵抗的儿童高级别胶质瘤(pHGG)。该疾病由组蛋白H3点突变定义,即赖氨酸27被替换为甲硫氨酸(称为H3K27M),导致全基因组表观遗传改变并驱动肿瘤发生。尽管放射治疗是标准治疗,但后续复发(常在高剂量放疗野内)普遍发生。我们发现,与仅表达野生型组蛋白H3的pHGG相比,顶端DNA损伤应答激酶共济失调毛细血管扩张突变(ATM)在表达H3K27M的患者肿瘤样本中独特上调。使用一组H3K27同源细胞系,我们进一步发现H3K27M与ATM启动子内H3K27me3减少、ATM mRNA水平升高以及DNA损伤应答(DDR)信号增强相关,即使在无辐射诱导的情况下也是如此。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL13112、10090。本站分类:肿瘤/脑肿瘤。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337340
【使用注意】
· 源站最后修改于 Oct 08 202,引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
H3K27改变的弥漫性中线胶质瘤(DMG)是一种侵袭性强且治疗耐药的儿童高级别胶质瘤(pHGG)。该疾病以组蛋白H3的点突变将赖氨酸27转化为甲硫氨酸(称为H3K27M)为特征,导致全基因组表观遗传改变,从而驱动肿瘤发生。尽管放射治疗是标准治疗方案,但随后的复发(通常在高剂量放射野内)是普遍现象。我们发现,与仅表达野生型组蛋白H3的pHGG相比,顶端DNA损伤应答激酶共济失调毛细血管扩张突变(ATM)在表达H3K27M的患者肿瘤样本中独特上调。使用一组H3K27同基因细胞系,我们进一步发现H3K27M与ATM启动子内H3K27me3减少、ATM mRNA水平升高以及DNA损伤应答(DDR)信号增强相关,即使在缺乏辐射诱导的DNA损伤的情况下也是如此。
在评估这些变化对AZD1390(一种临床级、可穿透中枢神经系统的ATM抑制剂)使细胞对放射敏感化的能力的影响时,我们发现,虽然外源性表达H3K27M赋予了AZD1390优先的放射增敏作用,但CRISPR/Cas9删除H3K27M并未减弱AZD1390在患者来源的DMG细胞系中的疗效。最后,AZD1390使原位H3K27M突变肿瘤在免疫缺陷和同基因免疫健全宿主中对放疗敏感,且不良反应极小。综上所述,这些数据提供了H3K27M突变与ATM表达之间的直接机制联系,并支持最近启动的AZD1390联合放疗用于新诊断pHGG的临床研究。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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