Olig2抑制剂CT179对三种GBM细胞系转录组的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE336473

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在通过表征CT179对胶质母细胞瘤细胞系基因表达的影响，验证CT179作为Olig2抑制剂所提出的作用机制。我们预期CT179会降低Olig2靶基因的转录水平，而这些靶基因富集于在GBM中表达的基因。利用RNA测序（RNA-seq），我们发现CT179引起β微管蛋白的快速下调，其表达在临床标本中与OLIG2相关。在随后的时间点，这些基因表达的降低可能导致了有丝分裂灾难和细胞死亡，这与细胞停滞于有丝分裂期的基因表达谱相符。基于这些发现，我们得出结论：CT179可能通过抑制β微管蛋白表达来介导其对GBM的抗肿瘤效应，从而引起有丝分裂停滞和细胞死亡。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。