TIMELESS通过JAK-STAT3通路促进胶质瘤干性与恶性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE336084

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为鉴定小鼠胶质母细胞瘤（GBM）CT2A细胞中受TIMELESS调控的基因特征，我们进行了RNA测序（RNA-seq）分析。Timeless最初被鉴定为昼夜节律钟机制的核心组分，但其在GBM干性和恶性程度中的作用尚未明确。为探究Timeless驱动GBM恶性程度的机制，我们利用表达Timeless特异性shRNA的慢病毒构建了Timeless稳定敲低（KD）的CT2A细胞，并以转导非靶向乱序shRNA（shScramble）的CT2A细胞作为对照。从shScramble和Timeless-KD CT2A细胞的三个独立生物学重复中提取总RNA，制备bulk RNA条形码测序（BRB-seq）文库，并在Illumina NextSeq2000平台上进行测序。在检测到的基因中，我们筛选出在Timeless-KD细胞中平均表达水平降至shScramble细胞一半或以下的基因，并使用ShinyGO进行富集分析，结果发现干细胞相关基因特征显著富集。这些发现提示，TIMELESS调控GBM细胞的癌症干细胞样特性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。