水母来源ShK样肽处理U-373MG细胞的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333392

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数据说明

水母来源的ShK样肽是电压门控钾通道Kv1.3的有效阻断剂，该通道在免疫细胞活化和胶质母细胞瘤细胞生理中发挥关键作用。本研究考察了U-373MG人胶质母细胞瘤细胞暴露于两种合成ShK样肽——NnK-1（来源于Nemopilema nomurai）和CBRV1-10493（来源于Carybdea brevipedalia）——200 nM、48 h后的转录组学响应（每组n = 3）。由于两种肽在该浓度下均不影响细胞活力，故选择200 nM作为处理剂量。基因表达谱分析采用QuantSeq 3’ mRNA-Seq在Illumina NextSeq 550平台上完成。差异表达基因（DEGs）采用EdgeR结合TMM+CPM标准化进行鉴定（倍数变化 ≥ 1.5，p值 < 0.05）。暴露于NnK-1产生149个DEGs，GO和IPA分析表明细胞信号传导和免疫相关功能发生显著改变，包括预测到与神经退行性疾病相关的神经炎症和免疫应答通路受到抑制。暴露于CBRV1-10493鉴定出107个DEGs，GO分析揭示了与神经传递相关的类别。

这些发现为理解水母ShK样肽在胶质母细胞瘤细胞中的神经调节和免疫机制提供了见解，并表明它们有潜力成为神经退行性疾病和免疫疾病治疗研究的候选物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。