CDK2/9 阻断重塑胶质母细胞瘤类器官染色质并驱动表型可塑性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE326468

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）仍是一种高度致命的脑肿瘤，治疗选择有限，且对标准治疗普遍耐药。细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）是细胞周期进程和转录的关键调控因子，在GBM中频繁失调，参与肿瘤发病机制。在本研究中，我们在多种临床前GBM模型中评估了fadraciclib（CYC065）——一种选择性CDK2/9抑制剂——的疗效，尤其关注其潜在的免疫调节作用。利用二维培养、三维球体、患者来源类器官（PDO）及多细胞三维生物打印模型，我们证明fadraciclib在患者特异性模型中显著降低细胞活力和侵袭能力，且不依赖于O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶（MGMT）启动子甲基化状态。其疗效持续优于当前标准治疗药物替莫唑胺。细胞器特异性分析显示，fadraciclib破坏溶酶体、线粒体和内质网完整性，并伴随γH2AX水平升高，提示DNA双链断裂增加。

在半自体共培养系统中，fadraciclib有效抑制了GBM侵袭，通过上调小胶质细胞中的Connexin 43增强了细胞间串扰，并激活了外周T细胞。对处理后的PDO进行转录组分析，揭示了广泛的转录失调，包括致癌长链非编码RNA MALAT1和POM121L9的下调，以及免疫相关通路的抑制和肿瘤抑制因子LZTS1的上调。值得注意的是，组蛋白相关基因表达的增加提示染色质重塑和肿瘤细胞静默的诱导。亚型分析进一步揭示了fadraciclib驱动的向倾向神经分子特征的转变。总体而言，这些结果突显了CDK2/9抑制作为GBM中有前景的治疗策略，并支持fadraciclib在靶向转录脆弱性的联合方法中的进一步开发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。