系列选择侵袭性与亲本患者来源胶质母细胞瘤干细胞样细胞的RNA-seq图谱

该数据集包含在3D条件下培养的患者来源胶质母细胞瘤干细胞样细胞的RNA测序图谱。通过transwell侵袭实验连续筛选获得高侵袭性亚群,并与亲本群体进行比较

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基因组分类GPL246769606
GSE324631: RNA-seq profiling of serially selected invasive and parental patient-derived glioblastoma stem-like cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

系列选择侵袭性与亲本患者来源胶质母细胞瘤干细胞样细胞的RNA-seq图谱

该数据集名为 GSE324631,全称为 RNA-seq profiling of serially selected invasive and parental patient-derived glioblastoma stem-like cells,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,本站归类为肿瘤 / 脑肿瘤方向。数据集围绕患者来源的胶质母细胞瘤干细胞样细胞展开,这些细胞在三维培养条件下进行 RNA 测序分析。研究者通过 transwell 侵袭实验连续筛选,获得了一个高侵袭性亚群,并将其与亲本群体进行比较,从而识别与胶质母细胞瘤细胞稳定侵袭表型相关的转录差异。数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE324631_series_matrix.txt.gz,作者为 Tanja 和 Buhlmann,发布时间为 Mar 12 202。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是中枢神经系统中具有高度侵袭性的肿瘤类型,患者来源的干细胞样细胞模型被广泛用于研究肿瘤的生物学行为。该数据集聚焦于胶质母细胞瘤干细胞样细胞在三维培养条件下的基因表达特征,特别是通过连续筛选获得的高侵袭性亚群与亲本群体之间的差异。这一设计有助于揭示与侵袭能力相关的转录程序,为理解胶质母细胞瘤的侵袭机制提供数据基础。源站描述指出,该数据集能够用于识别与胶质母细胞瘤细胞中稳定侵袭表型相关的转录差异。

【数据内容】

该数据集包含 RNA 测序图谱,覆盖患者来源的胶质母细胞瘤干细胞样细胞。样本包括经过连续筛选获得的高侵袭性亚群以及对应的亲本群体。数据以表达谱形式呈现,主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 和 9606。文件数量为 1,样例文件名为 GSE324631_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩格式。数据内容旨在支持对侵袭性与亲本群体之间转录差异的分析。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Tanja 和 Buhlmann,发布时间为 Mar 12 202。样本为患者来源的胶质母细胞瘤干细胞样细胞,在三维条件下培养。高侵袭性亚群通过 transwell 侵袭实验连续筛选产生,并与亲本群体进行比较。源站描述未提供更详细的采集地点、伦理审批或具体实验流程信息。

【适用场景】

该数据集适用于研究胶质母细胞瘤干细胞样细胞的侵袭相关转录特征。通过比较高侵袭性亚群与亲本群体的 RNA 测序图谱,可用于识别与稳定侵袭表型相关的基因表达差异。适用于肿瘤生物学、脑肿瘤研究以及表达谱分析等方向。主题标签中的高通量测序表达谱、GPL24676 和 9606 提示其适用于基于高通量测序平台的表达分析。

【使用方法】

使用该数据集时,可下载数据文件 GSE324631_series_matrix.txt.gz。按文件格式读取,该文件为 GZIP 压缩包。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。源站未提供其他具体分析步骤或软件推荐。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、批次效应、重复数量或技术验证的详细信息。文件数量为 1,可能限制了对原始测序读段或更细粒度数据的直接获取。源站描述未提及样本量、测序深度或覆盖度等指标。使用时应结合自身分析需求评估适用性。

【引用与许可】

作者为 Tanja 和 Buhlmann,发布时间为 Mar 12 202。源站未提供具体的引用格式或许可条款信息。使用该数据集时,建议参考来源站 ncbi.nlm.nih.gov 上的相关说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324631

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含在3D条件下培养的患者来源的胶质母细胞瘤干细胞样细胞的RNA测序图谱。通过使用transwell侵袭实验连续筛选,生成了一种高度侵袭性的亚群,并将其与亲本群体进行了比较。该数据集有助于识别与胶质母细胞瘤细胞中稳定侵袭表型相关的转录差异。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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