胶质母细胞瘤从核心到边缘空间结构图谱[scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318564

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）的治疗耐药性在很大程度上由该疾病典型的多层次广泛异质性所驱动。尽管在阐明GBM的基因组和转录异质性方面已取得显著进展，但在空间层面界定这种异质性方面仍存在关键的知识空白。为解决这一问题，我们采用空间转录组学技术绘制了GBM生态系统的结构图谱。这揭示了由基因表达和空间定位共同定义的肿瘤细胞状态，以及组成沿肿瘤核心-边缘轴变化的多细胞生态位。配体-受体相互作用分析揭示了复杂的细胞间通讯网络，包括生态位特异性和区域特异性的相互作用。最后，我们发现CD8阳性GZMK阳性T细胞与LYVE1阳性CD163阳性髓系细胞在血管区域共定位，提示了一种潜在的免疫逃逸机制。

这些发现为GBM肿瘤微环境提供了新的见解，突显了以往未被认识的空间组织模式和细胞间相互作用模式，以及破坏促肿瘤相互作用和克服免疫抵抗的新治疗途径。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。