IDH突变胶质瘤恶性转化空间转录组数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318238

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤代表了年轻成人中大多数低级别弥漫性胶质瘤。尽管IDH突变型胶质瘤相对于IDH野生型 counterpart 最初表现为惰性行为，但它们不可避免地发生恶性转化。驱动这一进展的机制仍不明确。我们分析了一个罕见的纵向队列，包含两名IDH突变型弥漫性胶质瘤患者，每名患者均有匹配的WHO 2级、3级和4级肿瘤。采用空间转录组学（NanoString GeoMx和10X Visium），结合差异表达、空间可变基因分析和基因本体富集，以定义进展背后的转录程序。在两例患者中，更高级别肿瘤均表现出增殖减少以及向迁移性、侵袭性表型的转变。4级样本显示参与细胞黏附、轴突导向、细胞骨架重塑和神经发育的基因上调。空间分析将这些程序定位至肿瘤侵袭边缘。GO富集突出了与神经元突起发育、黏着斑和片状伪足组织相关的通路。

研究结果在泛癌图谱队列中采用Cox比例风险模型结合LASSO和Elastic Net正则化进行了临床验证。侵袭相关基因的高表达与较短的无进展生存期相关，且侵袭性基因特征可预测总生存期。这些发现确定了进展的候选分子驱动因素以及时间点特异性治疗干预的潜在靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。