儿童弥漫性中线胶质瘤血脑肿瘤屏障体外微血管模型

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE311451

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

弥漫性中线胶质瘤（DMG）是一种高度侵袭性的儿童脑肿瘤，由于血-脑-肿瘤屏障（BBTB）阻止大多数药物到达肿瘤，因此难以治疗。理解这一肿瘤-血管微环境的一个主要障碍是缺乏可灌注的DMG血管模型。为解决这一问题，我们建立了一种DMG-BBTB的体外模型，该模型由患者来源的DMG肿瘤细胞、原代人脑微血管内皮细胞、星形胶质细胞和血管周细胞共培养组成，包埋于微流控芯片内的纤维蛋白基质中。我们报告了自组装微血管网络的开发与表征，在一系列肿瘤细胞密度下均呈现一致的血管系统发育。灌注研究显示，当存在肿瘤细胞时，血管通透性无显著改变。为阐明转录组变化，我们对包含BBB、DMG-BBTB或肿瘤坏死因子α（TNFα）刺激对照的装置进行了scRNAseq。我们观察到BBB与DMG-BBTB之间存在显著的差异基因表达，且不同于TNFα扰动所见的炎症特征。

我们的分析表明，DMG细胞呈现出间充质样表型，进一步的计算机模拟研究预测这些细胞与内皮之间存在显著的受体-配体交互作用。总之，我们构建了一个高保真的DMG-BBTB模型，该模型重现了患者DMG微血管的转录组特征，并具备可灌注的血管系统，从而能够对治疗药物进行功能性测试。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。