不同胶质母细胞瘤细胞系的转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309038

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GB）是最具侵袭性的脑癌类型，预后极差。髓系细胞，尤其是单核细胞和巨噬细胞，构成了GB肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的大多数，它们在其中促进免疫抑制环境的形成，阻碍潜在的抗肿瘤免疫反应。I型干扰素（IFN）通常促进单核细胞和巨噬细胞向促炎方向转变，并使其发挥抗肿瘤功能。利用RNA测序，我们观察到，在与GB细胞共培养的原代人单核细胞中，无论是通过直接的细胞-细胞接触还是通过可溶性因子的交换，I型IFN刺激基因（ISGs）均普遍下调。出乎意料的是，I型IFN反应的降低并非源于干扰素-α/β受体（IFNAR）可用性和激活的变化。相反，我们鉴定出GM-CSF是GB细胞来源的关键因子，其在极低浓度（< 10 pg/mL）下通过诱导TGF-β信号通路降低单核细胞中ISG的表达。重要的是，在人GB活检组织中，I型IFN反应基因表达与GM-CSF活性似乎相互排斥。

具体而言，活跃的GM-CSF信号传导抑制了同一细胞以及邻近单核细胞衍生巨噬细胞中ISG的表达。总之，我们的数据提供了证据，表明在GB中存在一种迄今未知的、依赖于GM-CSF和TGF-β的I型IFN抑制机制，这对未来的治疗方法具有潜在意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。