Group 4 髓母细胞瘤新型模型数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308978

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景 髓母细胞瘤（MB）是最常见的儿童恶性脑肿瘤。MB可细分为四个主要亚型：SHH、WNT、第3组（G3-MB）和第4组（G4-MB）。尽管治疗方案有所进步，仍有30%的MB患者死于肿瘤转移和治疗后复发。G4-MB代表了预后不良患者中的一个大的亚群。G4-MB的肿瘤生物学仍知之甚少，在分子层面也尚不明确。现有模型的次优性阻碍了临床前开发。在此，我们报告了新型G4-MB模型的开发，这些模型具备体外扩增和临床前药物筛选的能力。方法 两个G4-MB肿瘤细胞系（MBT375和MBT417）来源于患者肿瘤，并通过NanoString、RNA-seq和DNA甲基化谱分析进行了表征。随后，这些模型被连续移植到小鼠体内或在体外培养。对G4MB模型的干细胞标志物BMI1表达水平进行了评估，随后与正常神经干细胞进行比较，使用靶向BMI1的药物进行了剂量反应和协同作用试验。G4MB细胞被转导了萤火虫荧光素酶，以优化体内建模。

结果 我们提出了两种新型G4-MB患者来源的原位小鼠模型：MBT375和MBT417，它们具备短期体外扩增、遗传操作和增强的致瘤能力。重要的是，移植MBT375的小鼠能够可靠地发展出脊柱转移性疾病。通过体外药物筛选，我们证明重新利用针对G3-MB特异性BMI1的靶向治疗策略，是应对最常见且往往难以治疗的MB亚型的合理方法。结论 我们开发了新型G4-MB模型，可作为体外发现平台，用于识别新型癌症选择性治疗模式。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。