IDH突变胶质瘤起源于携带初始驱动突变的胶质祖细胞（关联GSE275791）空间转录组数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302642

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

发现携带初始驱动突变的起源细胞，为理解肿瘤演化及开发新疗法提供了根本依据。对于异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤——50岁以下成人中最常见的恶性原发性脑肿瘤——其起源细胞仍知之甚少。在此，我们利用患者脑组织和基因组编辑小鼠，确定了胶质祖细胞（GPCs），包括少突胶质祖细胞（OPCs），作为携带IDH突变这一初始驱动突变的胶质瘤起源细胞类型。我们对来自70名患者（32例IDH突变型胶质瘤和38例IDH阴性对照）的142份组织进行了全面的深度测序，包括微滴数字PCR以及深度 panel 和扩增子测序，这些组织包括肿瘤、组织学正常的瘤周区域或脑室下区（SVZs）以及血液。令人惊讶的是，在37.9%（29例中的11例）的IDH突变型胶质瘤患者中，远离肿瘤的正常瘤周区域发现了低水平的IDH突变，而在SVZ中未检测到IDH突变。

通过整合细胞类型特异性突变分析、克隆演化方向、患者脑组织的空间转录组学以及一种源自突变OPC的新型IDH突变胶质瘤小鼠模型，我们确定，携带初始驱动突变的GPC（包括OPC）是IDH突变胶质瘤发生与演化的责任细胞。总之，我们的结果表明，含有IDH突变的GPC是IDH突变胶质瘤中携带初始驱动突变的起源细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。