胶质母细胞瘤侵袭解码:肿瘤组装体中环境与细胞周期效应的单细胞图谱

研究由 Akhunbay-Fudge 等人完成,开发两种单细胞分析技术解析胶质母细胞瘤侵袭表型,比较肿瘤侵入神经与内胚层谱系组装体的差异,并建立 DyPheT 追踪算法实时关联细胞周期与恶性细胞迁移

geo
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基因组分类GPL246769606
GSE298718: Decoding glioblastoma invasion: single-cell profiling of environmental and cell cycle effects in tumour assembloids

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

胶质母细胞瘤侵袭解码:肿瘤组装体中环境与细胞周期效应的单细胞图谱

Decoding glioblastoma invasion: single-cell profiling of environmental and cell cycle effects in tumour assembloids

该数据集来自 NCBI GEO(GSE298718),包含 1 个文件(GSE298718_series_matrix.txt.gz),采用高通量测序表达谱技术,物种为人类(9606),平台为 GPL24676。研究由 Akhunbay-Fudge 等人完成,开发两种单细胞分析技术解析胶质母细胞瘤侵袭表型,比较肿瘤侵入神经与内胚层谱系组装体的差异,并建立 DyPheT 追踪算法实时关联细胞周期与恶性细胞迁移。数据可用于研究肿瘤微环境变化、侵袭相关基因表达及“go-and-grow”侵袭范式(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Jun 02 202。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):Akhunbay-Fudge 等人开发了两种单细胞分析技术,用于解析胶质母细胞瘤的侵袭表型,重点关注肿瘤组装体内谱系定向(神经与内胚层)和细胞周期进程的影响。该研究采用单细胞 mRNA 测序,比较肿瘤侵入神经与内胚层谱系组装体的情况,并建立“DyPheT”追踪算法,实时关联脑类器官中细胞周期时相与恶性细胞迁移。这些互补方法揭示了胶质母细胞瘤诱导的环境细胞变化,识别了肿瘤细胞中组装体侵袭的细胞自主基因表达谱,并强调了一种“go-and-grow”侵袭范式,鉴定出在 S/G2 期活跃的高迁移性细胞。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:GPL24676、9606。本站分类:肿瘤/脑肿瘤。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298718

【使用注意】

· 源站最后修改于 May 07 202,引用时请注意版本时效。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Akhunbay-Fudge等人开发了两种单细胞分析技术,以解析胶质母细胞瘤侵袭表型,重点关注肿瘤组装体中谱系定向(神经与内胚层)及细胞周期进程的影响。该研究采用单细胞mRNA测序技术,对比肿瘤侵袭神经与内胚层谱系组装体的情况,并建立了“DyPheT”追踪算法,实时关联细胞周期阶段与脑类器官中恶性细胞的迁移。这些互补方法揭示了胶质母细胞瘤诱导的环境细胞变化,确定了肿瘤细胞中组装体侵袭的细胞自主基因表达谱,并强调了“先迁移后增殖”的侵袭模式,识别出在S/G2期高度活跃的迁移细胞。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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