myc-LARP6全长及缺失突变体iCLIP分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297587

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

内在无序区（IDRs）在RNA结合蛋白（RBPs）中普遍存在，但其在RNA相互作用中的作用仍不明确。我们研究了LARP6的结构化和无序化RNA结合活性，LARP6是一种具有多样化RNA结合谱的RBP。在强力霉素开关控制下稳定表达myc标签全长或各种缺失突变体LARP6的U87胶质母细胞瘤细胞被诱导以接近内源性水平表达myc-LARP6变体，随后进行单核苷酸分辨率紫外交联和免疫沉淀（iCLIP）以评估各变体在转录组上的RNA结合靶标。同时对这些细胞进行了总RNA-seq实验，以区分RNA结合的变化与通过表达水平变异所影响的变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。