胶质瘤相关间充质干细胞转录组芯片数据
该数据集为胶质瘤相关间充质干细胞(GA-MSCs)的转录组芯片数据,来源于经病理确诊为WHO IV级的胶质母细胞瘤标本。GA-MSCs在细胞密度达70%-80%后分别接受DMEM对照或GSC-CM处理,每组设三个重复,孵育三天后提取总RNA,经质量评估合格后使用Affymetrix GN-GeneC

基本信息
资源简介
胶质瘤相关间充质干细胞转录组芯片数据
glioma-associated mesenchymal stem cell (GA-MSCs) transcriptome chip data
该数据集为胶质瘤相关间充质干细胞(GA-MSCs)的转录组芯片数据,来源于经病理确诊为WHO IV级的胶质母细胞瘤标本。GA-MSCs在细胞密度达70%-80%后分别接受DMEM对照或GSC-CM处理,每组设三个重复,孵育三天后提取总RNA,经质量评估合格后使用Affymetrix GN-GeneChip Human Clariom D Array 2.0进行表达谱分析。数据可用于比较不同处理条件下GA-MSCs的基因表达差异,支持胶质瘤微环境相关研究(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Mar 10 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):从经病理检查确诊为WHO IV级的胶质母细胞瘤标本中提取的GA-MSCs在T25培养瓶中培养。当细胞密度达到约70%-80%时,分别用DMEM(对照条件)或GSC-CM(实验条件)处理细胞。每种条件设三个重复。孵育三天后,使用TRIzol试剂(TAKARA,日本)提取总RNA。使用Nanodrop 2000和Agilent Bioanalyzer 2100评估RNA质量,仅符合质量控制标准的样本纳入芯片分析。RNA样本经poly-A加尾、生物素标记后,使用Affymetrix GN-GeneChip Human Clariom D Array 2.0(Affymetrix,美国)进行分析。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:Expression profiling by array、GPL23126、9606。本站分类:肿瘤/脑肿瘤。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291549
【使用注意】
· 源站最后修改于 Jun 24 202,引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
从经病理检查确诊为WHO IV级的胶质母细胞瘤标本中提取的GA-MSC,在T25培养瓶中培养。当细胞密度达到约70%-80%时,分别用DMEM(对照条件)或GSC-CM(实验条件)处理细胞。每种条件设三个复孔。孵育三天后,使用TRIzol试剂(TAKARA,日本)提取总RNA。使用Nanodrop 2000和Agilent Bioanalyzer 2100评估RNA质量,仅纳入符合质量控制标准的样本进行微阵列分析。RNA样本经poly-A加尾、生物素标记后,使用Affymetrix GN-GeneChip Human Clariom D Array 2.0(Affymetrix,美国)进行分析。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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