CPI203（BET抑制剂）在多种胶质母细胞瘤细胞系中下调一组一致的DNA合成基因 [ATAC-seq]

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数据说明

引言：胶质母细胞瘤利用恶性基因表达通路来驱动生长。其中许多基因通路无法通过分子靶向药物直接触及。染色质修饰化合物能够改变基因表达并靶向胶质母细胞瘤的生长通路。在本研究中，我们利用染色质修饰化合物对一组患者来源的胶质母细胞瘤细胞系进行系统性筛选，以识别有前景的化合物及其相关的基因靶点。方法：对五种胶质母细胞瘤细胞系进行药物筛选，所用106种染色质修饰化合物代表36个独特的药物类别，以确定十二个最有前景的药物类别及每个类别中最佳的候选抑制剂。随后，将这十二种药物在一组十二个患者来源的胶质瘤球细胞系中进行测试，以识别生长抑制情况及相应的基因表达模式。采用重叠分析和加权共表达网络分析（WCGNA）来确定潜在的靶基因和基因通路。结果：初步药物筛选确定了十二种候选药物制剂用于进一步测试。

药物敏感性检测表明，胶质瘤球细胞系之间总体上存在高度变异性。然而，CPI203是最持续有效的化合物，而BET抑制剂类是在整个胶质瘤球细胞系 panel 中最持续有效的一类化合物。相应地，大多数受试化合物对胶质瘤球细胞系之间基因表达的影响具有高度变异性。CPI203作为唯一在不同胶质瘤球细胞系中对基因表达诱导一致效应的化合物而脱颖而出，具体表现为DNA合成基因的下调。在十二个受试细胞系中，CDKN2A和CDKN2B的高表达将药物敏感性较高的细胞系与耐药性较高的细胞系区分开来。WGCNA鉴定出两个致癌基因模块（FBXO5和MELK），它们被CPI203（FBXO5）和ML228（FBXO5和MELK）有效下调。Co

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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