YAP通过Rho-GTPase开关调控细胞迁移与侵袭

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289667

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

阐明控制非病变细胞和转化细胞侵袭性扩散的机制，对于理解包括癌症进展在内的多种过程至关重要。在此，我们发现Yes相关蛋白（YAP），一个被认为参与调控器官和机体大小的核心转录调节因子，通过直接调节Rac1-GEF蛋白TRIO的内含子增强子来反式激活它，从而调控驱动细胞迁移的Rho-GTPase开关。此外，YAP和TRIO可能通过与STAT3信号通路的潜在交互作用促进侵袭行为，后者是一个潜在的下游靶点。尽管我们在许多细胞类型中发现了这种依赖YAP的浸润程序，但在最常见的恶性脑肿瘤——胶质母细胞瘤（GBM）中，该程序以患者特异性的方式尤为增强，其中YAP、TRIO和STAT3特征的过度激活也导致了不良的临床预后。我们的分析表明，本研究中鉴定的YAP-TRIO-Rho-GTPase信号网络是生理和病理背景下侵袭性细胞扩散的普遍调节因子。

在本数据集中，我们对两种患者来源的GBM原代细胞系（JHGB612和JHGB651）进行了YAP敲低，并进行了微阵列分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。