GSE287629：研究性针芯活检支持胶质母细胞瘤多模态深度数据生成 [BulkRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287629

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤，IDH野生型（GBM）是一种原发性脑癌，预后差且有效疗法寥寥。在治疗过程中研究肿瘤及其微环境的能力，将极大增进对疾病反应、进展及治疗效果的了解。立体定向针芯活检是主要用于肿瘤诊断的常规外科手术。利用这些活检来研究肿瘤及微环境对治疗的反应鲜有开展，但具有巨大潜力，可支持治疗监测和对肿瘤演化的理解。然而，针芯活检是否足以进行多组学分析和肿瘤模型尚不清楚。在此，我们对两名独立患者的立体定向针芯活检组织所能产生的数据深度进行了测试。在第一位复发性GBM患者中，我们从单次操作获取的活检组织中进行了高度解析的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析以及MHC I类免疫肽组学。

在第二例患者中，我们分析了多区域核心活检样本，以解读空间和基因组变异，并量化样本内与样本间的异质性。我们还在一个独立的患者队列中，探究了立体定向活检作为生成患者来源异种移植（PDX）模型方法的实用性。跨模态的数据集整合突显了空间映射的免疫细胞相关代谢途径，揭示了RNA表达与肿瘤MHC I类免疫肽组之间的弱相关性，并验证了推断的细胞间配体-受体相互作用。总之，立体定向针吸活检核心样本质量足以生成多组学数据和PDX模型，为患者的疾病进程和肿瘤免疫微环境提供了丰富的数据洞见，并可能在评估治疗反应中具有价值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。