胶质母细胞瘤患者中通过下一代测序结合mRNA转录组分析鉴定miRNA作为诊断候选生物标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285290

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

应用下一代测序技术，我们比较了5例原发性胶质瘤患者肿瘤组织样本与5例低级别（I-II级）胶质瘤患者瘤周区域的mRNA表达模式，后者作为对照组。为了确定GBM与对照组病例之间mRNA表达水平的差异，我们使用iDEP 96软件对两组样本各6个重复的NGS数据集进行了聚类分析。为了表征上调或下调的程度，使用iDEP.96网络工具应用DESeq2算法计算了log2FC值。在此基础上，分析过程中以错误发现率（FDR）<0.05和倍数变化>2为阈值，鉴定出6125个已知mRNA存在差异表达。其中，与对照样本相比，组织样本中有2253个mRNA上调（log2FC > 2），3872个mRNA下调（log2FC < -2），具有生物学相关性。为了验证NGS获得的结果，选取了7个上调mRNA：E2F2、HOXD13、VEGFA、CDC45、AURKB、HOXC10、MYBL2和7个下调mRNA：FABP6、PRLHR、NEUROD6、CBLN1、HRH3、HCN1、RELN进行RT-qPCR分析。

与对照样本相比，E2F2、HOXD13、VEGFA、CDC45、AURKB、HOXC10、MYBL2显著上调，而FABP6、PRLHR、NEUROD6、CBLN1、HRH3、HCN1、RELN显著下调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。