非典型畸胎样/横纹肌样瘤体外药物基因组学研究（甲基化数据）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE282878

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非典型畸胎样/横纹肌样瘤（AT/RT）是一种高度恶性的胚胎性脑肿瘤，由SMARCB1基因或较少见的SMARCA4基因失活性遗传改变驱动。大规模分子谱研究已鉴定出不同的分子亚型，命名为AT/RT-TYR、-SHH和-MYC。尽管对AT/RT生物学的认识不断增加，某些风险组仍缺乏治愈性治疗选择，这些患者的预后仍然很差。我们对13个AT/RT细胞系进行了768种小分子药物的体外高通量药物筛选，涵盖传统化疗药物和后期开发药物，并确定了实体内和实体间差异反应，以揭示特定的脆弱性。我们的数据表明，与其他高级别脑肿瘤细胞系（包括髓母细胞瘤和恶性胶质瘤模型）相比，AT/RT细胞系在体外对丝裂原活化蛋白激酶激酶（MEK）和小鼠双微体2同源物（MDM2）抑制剂具有优先活性。

此外，我们通过将药物反应数据与大规模DNA甲基化及基于RNASeq的表达谱数据整合，成功将不同的药物反应模式与AT/RT分子亚型相关联。亚型依赖性的药物反应谱显示，AT/RT-SHH细胞系对B细胞淋巴瘤2（BCL2）和热休克蛋白90（HSP90）抑制剂敏感，而在一部分AT/RT-MYC细胞系中，微管抑制剂、驱动蛋白纺锤体蛋白（KSP）抑制剂以及真核翻译起始因子4E（eIF4E）抑制剂briciclib的活性增强。总之，我们的体外药物基因组学方法揭示了AT/RT细胞系中肿瘤类型和亚型特异性治疗脆弱性的临床前证据，这可能为新型药理策略的未来体内及临床评估提供参考。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。